qPCR是已经是现代分子生物学研究不可缺少的研究手段之一,但是实验中,人工设计的引物,耗时多且难保证特异性和扩增效率一致性。
西南大学农学与生物科技学院等单位题为“qPrimerDB: A thermodynamics-based gene-specific qPCR primer database for 147 organisms”研究论文,构建了qPCR引物数据库qPrimerDB(http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb),该数据库共收录了包括66种重要植物(拟南芥、水稻、玉米、大豆、油菜和马铃薯等)等在内的147个物种共3331426个基因的51091785对qPCR引物。该研究团队设计了基于热动力学的基因特异qPCR引物设计流程,并对人、小鼠、家蚕、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、水稻、玉米和油菜等共147个已完成全基因组测序物种的全基因组qPCR引物设计和验证分析,这147个物种包含80种动物(37种哺乳动物、17种昆虫、10种鱼类、4种鸟类和12种其他动物)、1种真菌(酵母)和66种植物(39种双子叶植物、18种单子叶植物和9种其他植物)。并构建了相应的数据库qPrimerDB,收录了147个物种共3331426个基因的51091785对qPCR引物。

作为一个负责的科研人员,是不是瞬间心情通畅了很多呢?但是,做qPCR好像还缺少点什么?是的,内参的选择直接关系到结果的准确性和精确性,因此在筛选出合理的内参基因是有效地应用实时定量PCR技术的先决条件。
北京基因组所生命与健康大数据中心题为“ICG: a wiki-driven knowledgebase of internal control genes for RT-qPCR normalization”研究论文在线发表于Nucleic Acids Research。开发了国际上首个实时定量PCR内参基因知识库——ICG(http://icg.big.ac.cn/index.php/Main_Page),对经生物学实验手段鉴定出的内参基因及其应用场景实现了有效的挖掘、整合及注释。该数据库目前收录了209个物种的内参基因,共涉及73种动物,115种植物,12种真菌及9种细菌。

这下做qPCR的童鞋再也不用那么忧愁了,加油哦!