千辛万苦获得了全长转录组数据，可是，我们拿它能解决什么问题呢？
应用一：构建物种参考转录本
利用Iso-Seq可获得全面物种全长转录本信息，发现新的基因和新isoform、准确鉴定可变剪接、融合基因等转录本序列结构变异信息。对于有参物种，可完善基因组注释信息；对于无参物种，可作为参考转录本库。
经典案例：利用单分子测序构建真核生物基因集（IF：11.908）
研究人员通过三代全长转录组测序，获得全长转录本数据集并且开发了一种适合非模式生物的基因预测的方法。研究人员将此方法应用在甜菜和菠菜的基因预测中，获得了更完善的甜菜基因集和第一个菠菜全基因组范围的基因集。
图1. 三代测序辅助真核物种基因预测分析流程
应用二：疾病致病机理研究
通过全长转录本分析isoform、融合基因，从转录本结构水平揭示疾病发生发展的调控机制。
经典案例：三代测序检测乳癌融合基因（IF：10.162）
研究人员对乳癌细胞系进行三代和二代转录组测序，开发IDP-fusion来检测融合基因并鉴定和定量融合转录本，结果显示IDP-fusion是揭示肿瘤发生过程中融合基因的有效工具。
图2. IDP-fusion流程图
应用三：抗病/虫、抗逆的调控机制研究
通过比较不同处理组的全长转录本差异，分析isoforms、可变剪接形式等可了解物种的适应合抗逆机制。
经典案例：拟南芥脱落酸响应中的可变剪接机制分析（IF：5.901）
研究人员通过Iso-Seq测序，结合RNA-seq和蛋白质组技术，发现脱落酸（ABA）处理拟南芥后会引起广泛的可变剪接事件，且差异可变剪接事件更容易被翻译。
图3. 拟南芥脱落酸处理后AS事件统计
应用四：生长发育调控机制研究
通过Iso-Seq，可以比较不同发育阶段或不同部位的转录本差异，揭示生长发育关键的调控机制。
经典案例：Iso-Seq揭示毛竹地下根茎生长发育机制（IF：5.901）
研究人员采用Iso-Seq 测序，并结合RNA-seq对毛竹地下几个关键组织的选择性拼接（AS）和选择性多聚腺苷酸化（APA）进行了全面解析和量化，发现二者相互关联调控转运蛋白、转录因子、纤维素合成酶及翻译调节因子等相关基因，调控毛竹地下茎不同组织生长发育。
图4. 毛竹APA事件定量分析
参考文献
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