导语
目前16s RNA已经被广泛应用到对微生物多样性的评估当中，但是我们一般都会遇到一些问题，我们该怎么解决？一起来看看。
问题：
G 代表测序中某个分类对应的reads
N 代表某个分类表达量
C 代表copy数目
所以说copy数目，对最后微生物多样性的评估影响比较大，而根据目前已知的16s RNA copy数目从1-15之间从在较大的差异性，因此为了弥补这样的差异性，一般可以寻找单copy的新的分子标记物，例如ropB基因等等。但是这样的分子又没有被广泛使用，所以对于后期的处理也带来了一定的难度。
为了解决以上的问题，我们仍然采用16s RNA作为生物分子学标记，然后融入copy信息，主要是借助进化树的相关方法：
通过copy数字主要来自rrnDB database [1]
具体到实现过程：
1：测序数据（sequence reads）
2: Aligned and masked to the same Greengenes core data set as the reference taxa using PyNAST
3：建立进化树（pplacer）
4：使用文献[3]提供的R脚本，建立合理的16s rRNA物种丰度表达
参考文献：
1. Klappenbach, J.A., et al., rrndb: the Ribosomal RNA Operon Copy Number Database.Nucleic Acids Research, 2001. 29(1): p. 181-184.
2. Case, R.J., et al., Use of 16S rRNA and rpoB Genes as Molecular Markers for Microbial Ecology Studies. Applied and Environmental Microbiology, 2007. 73(1): p. 278-288.
3. Kembel, S.W., et al., Incorporating 16S Gene Copy Number Information Improves Estimates of Microbial Diversity and Abundance. PLoS Comput Biol, 2012. 8(10): p. e1002743.
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