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  • 植物遗传转化
    • 发布时间: 2017 - 05 - 24
      服务内容可转化品种周期目的基因克隆以及转化载体构建(可选)15个工作日拟南芥遗传转化T0代种子Col-0, Ler-01.5-2个月T1代种子延长2个月纯系筛选延长2个月烟草遗传转化T0代植株本氏烟,NC89等3.5个月番茄遗传转化T0代植株Micro-Tom等4.5个月油菜遗传转化T0代植株Westar等6个月小麦遗传转化T0代植株秦麦系列或自备品种4-6个月马铃薯遗传转化T0代植株DM1或自备品种6-10个月(因品种而异)棉花遗传转化T0代植株晋棉7号或自备品种6-12个月(因品种而异)玉米遗传转化T0代植株HiII8个月水稻遗传转化T0代植株不受基因型限制4个月杨树遗传转化T0代植株10个月苹果遗传转化T0代植株嘎啦,绿袖10个月葡萄遗传转化T0代植株无核白,赤霞珠10个月大豆遗传转化T0代植株威廉姆斯826个月       甘蓝遗传转化    T0代植株               6个月       苜蓿遗传转化    T0代植株              10个月非常规物种遗传转化服务合作研发服务说明:1. 全年均可开展项目实验;2. 按服务项目商定时间向客户提供项目报告,包括:(1)进度描述(2)实验图片及方法说明3. 客户可以对项目服务选项、提出个性化要求,双方协商确定技术方案和费用。
    • 发布时间: 2018 - 01 - 19
      本公司具有成熟的油菜遗传转化体系,已在多种油菜品种上实现成功转化。本公司提供大规模、标准化的转基因技术服务,全年均可开展项目试验。可在短期内高效率的获得转基因的油菜株系。我公司针对遗传转化项目特提供各阶段项目进展报告。技术流程:服务内容:转化载体构建油菜无菌苗的培育农杆菌介导的油菜遗传转化,筛选阳性愈伤诱导、不定芽分化再生绿苗的生根、壮苗T0代转基因苗外源基因PCR检测服务周期:转化开始到获得T0代转基因苗,共需要3-4个月。
    • 发布时间: 2017 - 12 - 18
      本公司具有成熟的甘蓝遗传转化体系,提供大规模、标准化的遗传转化技术服务,全年均可开展项目试验。可在短期内高效率的获得转基因的甘蓝株系。我公司针对遗传转化项目特提供各阶段项目进展报告。技术流程:服务内容:转化载体构建甘蓝无菌苗的培育农杆菌介导的番茄遗传转化,筛选阳性愈伤诱导、不定芽分化再生绿苗的生根、壮苗T0代转基因苗外源基因PCR检测
    • 发布时间: 2017 - 12 - 12
      本公司具有成熟的番茄遗传转化体系,已在多种番茄品种上实现成功转化。本公司提供大规模、标准化的转基因技术服务,全年均可开展项目试验。可在短期内高效率的获得转基因的番茄株系。我公司针对遗传转化项目特提供各阶段项目进展报告。技术流程:服务内容:转化载体构建番茄无菌苗的培育农杆菌介导的番茄遗传转化,筛选阳性愈伤诱导、不定芽分化再生绿苗的生根、壮苗T0代转基因苗外源基因PCR检测服务周期:转化开始到获得T0代转基因苗,共需要3-4个月。
    • 发布时间: 2017 - 12 - 08
      本公司具有成熟的马铃薯遗传转化体系,通过农杆菌介导的侵染法已在多种马铃薯品种上实现成功转化。本公司提供大规模、标准化的转基因技术服务,全年均可开展项目试验。可在短期内高效率的获得转基因马铃薯株系。我公司针对遗传转化项目特提供项目各阶段的进展报告。技术流程:服务内容:转化载体构建马铃薯无菌苗的培育农杆菌介导的马铃薯遗传转化,筛选阳性愈伤诱导、不定芽分化再生绿苗的生根T0代转基因苗外源基因PCR检测服务周期:项目启动之日起后的6-10个月
  • 分子生物学服务
    • 发布时间: 2017 - 05 - 25
      BiFC技术可以直观、快速地判断目标蛋白在活细胞中的定位和相互作用。将蛋白在某些特定的位点切开,形成不发荧光的N和C端2个多肽,称为N片段(N-fragment)和C片段(C-fragment)。这2个片段在细胞内共表达或体外混合时,不能自发地组装成完整的荧光蛋白,在该荧光蛋白的激发光激发时不能产生荧光。但是,当这2个荧光蛋白的片段分别连接到1组有相互作用的目标蛋白上,如果目标蛋白质之间有相互作用,则在激发光的激发下,产生该荧光蛋白的荧光。反之,若蛋白质之间没有相互作用,则不能被激发产生荧光。实验流程服务内容 采用拟南芥原生质体为受体细胞,结果更加可靠,更具说服力。同时可以采用烟草叶肉表皮细胞作为受体细胞,性价比高,实验周期短。
    • 发布时间: 2017 - 05 - 25
      亚细胞定位是指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位。例如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。GFP是绿色荧光蛋白,相当于要给研究的物质加上标记,起着报告蛋白的作用。使用GFP必须构建融合蛋白载体,并在转染之后有效表达。若在荧光显微镜下看到细胞内某一部位存在GFP信号,说明和GFP融合的蛋白也存在于该部位,确定某物质亚细胞的定位。  实验流程服务内容 采用拟南芥原生质体为受体细胞,结果更加可靠,更具说服力。同时可以采用烟草叶肉表皮细胞作为受体细胞,性价比高,实验周期短
    • 发布时间: 2017 - 05 - 24
      E. coli是重要的原核表达体系。在重组基因转化入E. coli菌株以后,通过温度的控制,诱导其在宿主菌内表达目的蛋白质,将表达样品进行SDS-PAGE以检测表达蛋白质。提高外源基因表达水平的基本手段之一,就是将宿主菌的生长与外源基因的表达分成两个阶段,以减轻宿主菌的负荷。常用的有温度诱导和药物诱导。服务内容1.原核表达载体构建 2.表达克隆筛选 3.蛋白表达及纯化 提供多种纯化标签:6*His、MBP、GST等 应用: 1.多克隆抗体制备 2.酶活实验
    • 发布时间: 2017 - 05 - 24
      根据植物蛋白序列分析具有抗原特征的多短肽序列作为抗原,通过人工合成短肽进行免疫新西兰大白兔或者小鼠获得多克隆抗体。获得目标蛋白的抗体,可用于植物体内蛋白表达量的鉴定,用于Western blot或者elisa分析,蛋白质含量鉴定是分析基因表达量最具有说服力的实验结果。 服务内容 服务名称客户提供抗原类型服务内容交付标准多肽抗原亲和纯化目的基因序列合成多肽a. 抗原肽设计b. 10-14mg化学多肽合成c. 2只新西兰大白兔免疫d. 多肽抗原亲和纯化 1. 2mg纯化多肽2. 0.5mg免疫球蛋白3. 2-10mg 多肽抗原纯化抗体4. ELISA检测结果 (=1:32000)5. 完整项目报告快速多肽抗原亲和纯化目的基因序列合成多肽a. 抗原肽设计b. 10-14mg化学多肽合成c. 2只新西兰大白兔免疫d. 多肽抗原亲和纯化1. 2mg纯化多肽2. 0.5mg免疫球蛋白3. 1-5mg 多肽抗原纯化抗体4. ELISA检测结果 (=1:32000)5. 完整项目报告
    • 发布时间: 2017 - 05 - 24
      酵母双杂交技术不仅应用于哺乳动物蛋白质之间的相互作用研究,还可以用来研究高等植物蛋白质之间的相互作用。其基本原理是酵母的转录激活因子GAL4由两个可以分开的、功能上相互独立的结构域(domain)组成,N端有一个由147个氨基酸组成的DNA结合域(DNA binding domain,BD),C端有一个由113个氨基酸组成的转录激活域(transcription activation domain,AD)。BD可以和上游激活序列(upstream activating sequence,UAS)结合,而AD则能激活UAS下游的基因进行转录。但是,单独的BD或AD不能激活基因转录,它们之间只有通过某种方式结合在一起才具有完整的转录激活因子的功能。酵母双杂交系统主要利用酵母的GAL4的这个特性通过两个杂交蛋白在酵母细胞中的相互结合及对报告基因的转录激活来研究活细胞内蛋白质的相互作用。  服务内容•酵母双杂cDNA文库构建•诱饵载体构建•转化酵母细胞•诱饵质粒酵母细胞的毒性检测•诱饵蛋白的自激活验证•验证诱饵蛋白与靶蛋白的互作•文库筛选测序•阳性克隆回复杂交验证•提供完整的实验图片以及报告单,文库质粒
  • 基因编辑服务
    • 发布时间: 2017 - 05 - 24
      2015年9月25日,发表在《细胞》杂志上的一项研究中,张锋领导的研究小组找到一种叫做Cpf1的蛋白,可能将克服CRISPR-Cas9系统应用中的一些限制,从而让该技术更简单、更精准。 CRISPR/Cpf1载体系统优点第一, 大小不同。Cas9剪切DNA需要两个小RNA分子,而Cpf1只需要一个。Cpf1酶比标准的SpCas9要小,更容易进入组织和细胞。第二, 剪切方式不同。Cas9是在同一个位置同时剪切DNA分子的双链,最后形成的是分子生物学家常称的平末端;而Cpf1剪切后形成是两个不同长度的链,被称之为黏性末端。第三, 剪切位置不同。Cpf1剪切时离识别位点很远。第四, Cpf1系统在目标位置的选择上提供了灵活性。像Cas9一样,Cpf1复合物首先必须连接一个叫做PAM的短序列,目标位置必须是与天然存在的PAM序列相邻。与Cas9相比,Cpf1复合物识别的PAM序列是非常不同的。
    • 发布时间: 2017 - 05 - 24
      采用CRISPR/Cas9技术对植物基因组进行编辑,可针对基因组任何位点进行敲除。★ 特异性基因识别★ 高效的基因敲除★ 设计简单快速,费用低客户需提供材料:基因登录号或ORF序列实验结果:靶基因敲除的T0转基因植株实验周期:3-12个月(根据物种转化难易度协商)受体材料:马铃薯、油菜、棉花、番茄、烟草、苹果、玉米、水稻等
  • 转录调控
    • 发布时间: 2016 - 11 - 08
      二代测序无法准确获得基因完整的5’UTR区和3’UTR区。基于PacBio三代测序读长长的优势,mRNA序列无需打断即可测通,获得全长转录本,提供精确的可变剪接和转录起始位点信息,准确分辨同源异构体,同源基因,家族基因和等位基因,为下游分子克隆实验提供极佳序列文库。对于特异种质资源,可以发现鉴定新基因。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 28
      转录组(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。一般如不特殊说明,转录组测序指的是狭义转录组测序。转录组成为研究基因表达的主要手段,转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带,转录水平的调控是目前研究最多的,也是生物体最重要的调控方式。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 28
      原核转录组测序是基于HiSeq平台,构建链特异性文库,研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA。由于原核生物mRNA没有polyA尾结构,需要采用去除rRNA的方法构建文库,针对不同的研究物种采取有效的方法去除rRNA,保证数据质量。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 28
      Small RNA是生命活动重要的调控因子,短小的序列长度(如microRNA一般在18-30nt之间);种类繁多, siRNA(小干扰RNA ), microRNA(微小RNA),还有其他一些种类的小RNA,如piRNA(蛋白互作小RNA),snRNA(小核RNA),snoRNA(核仁小RNA)等种类;几乎存在于所有的生物体中;在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等过程中发挥着重要作用。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 28
      lncRNA(long noncoding RNA)是一类长度超过200nt的长链非编码RNA,通过与DNA、RNA或蛋白质结合, 在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。lncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNA和mRNA。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 28
      环状RNA(circRNA)是区别于传统线性RNA的一类新型RNA,具有闭合环状结构,大量存在于真核转录组中。在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。circRNA通过海绵效应,竞争性的吸附和结合miRNA,从而抑制miRNA功能的行使;通过与RNA结合蛋白(RBP)结合,形成复合物,对RNA的转录过程进行调控;通过内部核糖体进入位点(IRES)序列,与核糖体结合,环状会开环呈线性,然后重新发挥翻译蛋白质的功能。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 28
      降解组测序(Degradome Sequencing)主要针对miRNA介导的剪切降解片段进行深度测序,从实验中筛选miRNA作用的靶基因,并结合生物信息学分析优势,确定降解片段与miRNA精确的配对信息。该技术能从细胞或组织中准确高效地筛选出miRNA的靶基因,为研究miRNA与其对应的靶基因的相互关系提供准确、高效的筛选手段。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 28
      宏转录组学是一门在整体水平上研究某一特定环境、特定时期群体生物全基因组转录情况以及转录调控规律的学科。宏转录组测序可原位研究特定生境特定时空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况。结合理化因素的检测,宏转录组可研究多样本间由于理化等指标的差异,时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 30
      单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing)是在单个细胞水平对mRNA和lincRNA进行高通量测序的一项新技术,针对单个细胞研究其整体水平的基因表达情况,成功解决细胞分子机制研究中常见的细胞异质性、细胞量少而无法进行常规高通量测序等难题。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 30
      比较转录组测序是基于Illumina HiSeq测序平台,通过RNA-seq技术手段研究物种进化,通过不同物种或亚种间mRNA序列差异进而分析近源物种间的亲缘关系,挖掘明显受到正向选择或负向选择的基因。泛转录组测序不仅能分析比较转录组的内容,同时还可以构建共表达网络,挖掘关键基因模块。
  • 微生物测序
    • 发布时间: 2016 - 10 - 30
      宏基因组测序是以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象,只需要提取环境微生物总DNA进行研究。采用HiSeq或者MiSeq测序仪进行高通量测序,它摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制,采用新一代高通量测序技术对环境微生物样品的DNA直接测序。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 30
      微生物基因组的重测序,是基于小片段文库的高通量测序数据,与近缘参考基因组进行比对,进行变异检测的方法。检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息,以精准快捷为特点,系统全面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 30
      随着细菌基因组研究的迅速发展,全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间,让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 30
      真菌属于较低等的真核生物,种类繁多,在自然界中分布广泛。据估计,全世界约有150万种真菌,其中包含许多具有重要的药用价值和食用价值的有益真菌,同时也存在着大量能引发动植物病害的致病菌。因此,合理利用有益真菌,控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。而真菌基因组的阐明,将为真菌特性的分析提供有用的依据。随着第二代高通量测序技术的成熟,基因组测序成本已大大降低,使得快速而经济的进行真菌基因组测序成为可能,目前真菌基因组学研究已经进入了一个快速增长时期。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 30
      16S/18S/ITS等扩增子测序是通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目标区域,通过检测目标区域的序列变异和丰度,以研究环境微生物多样性及群落组成差异。ITS分为两个区域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。
  • 动植物基因组
    • 发布时间: 2016 - 10 - 27
      泛基因组包括核心基因组 (Core genome) 和非必须基因组 (Dispensable genome)。其中,核心基因组由所有样本中都存在的序列组成,一般与物种生物学功能和主要表型特征相关,反映了物种的稳定性;非必须基因组由仅在单个样本或部分样本中存在的序列组成,一般与样本对特定环境的适应性或特有的生物学特征相关,反映了样本的特性。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 27
      De novo 测序也叫基因组从头测序,不需要任何基因序列信息即可对某个物种进行测序。通过对基因组序列未知或没有近源物种基因组信息的某个物种,对其不同长度基因组DNA片段及其文库进行序列测定,用生物信息学的分析方法对序列进行拼接、组装,从而获得该物种的基因组序列图谱。目前广泛应用于从头解析未知物种的基因组序列、基因组成、进化特点等。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 27
      基因组调研图研究是对于没有基因组参考序列的物种,基于小片段文库的低深度测序数据,可以有效地评估基因组大小、GC含量、杂合度高低以及重复序列含量等信息,是全面了解某一物种基因组特征的有效方法;此外,通过基因组调研分析也可对基因组进行初步组装。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 27
      针对某一物种的种内或亚种进行全基因组重测序或简化基因组测序获得基因组信息,通过与参考基因组比对,得到大量高准确性的SNP、InDel、SV等变异信息,讨论群体的遗传结构、遗传平衡和影响平衡的因素,从而从分子层面揭示该物种的进化机制、环境适应性等系列问题。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 28
      全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是将重亚硫酸盐处理方法和Illumina HiSeq高通量测序平台相结合,对有参考基因组的物种在全基因组水平进行高精准甲基化研究。WGBS可以实现单碱基分辨率的甲基化位点精准、高效定位。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 27
      Hi-C技术是染色体构象捕获(Chromosome conformation capture,简称为3C)的一种衍生技术,是指基于高通量进行染色体构象的捕获,结合生物信息学分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA 在空间位置上的关系,构建染色体跨度单体型,同时捕获不同基因座位上之间的空间交互信息,获得高分辨率的染色质三维结构信息,并能开发调控基因的DNA元件。
  • 功能基因定位
    • 发布时间: 2016 - 10 - 27
      针对研究的目标性状,选择表型极端差异的亲本构建遗传群体或家系。利用混池分组分析法(Bulk Segregant Analysis-BSA),对该家系目标性状表型极端的子代分别混合成的两个样本混池进行测序,同时对亲本进行测序,检测与性状相关联的位点并注释,研究基因控制目标性状的机制。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 27
      利用全基因组重测序或简化测序技术对某一物种个体或群体的基因组进行测序及差异分析,可获得SNP、InDel、SV、CNV等大量的遗传多态性信息,建立遗传多态性数据库,为后续揭示进化关系、功能基因挖掘等奠定基础。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 27
      基于全基因组重测序或简化测序技术对已有参考基因组序列的物种进行个体或群体的进行测序,利用高性能计算平台和生物信息学方法,检测单核苷酸多态性位点(SNP),并计算多态性标记间的遗传连锁距离,绘制高密度的遗传图谱。通过与表型性状进行关联分析,利用获得的强关联性标记进行下游基因的精细定位,从而进行遗传进化分析及重要性状候选基因预测,对该物种的分子育种研究具有重大的指导意义。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 28
      对某一物种群体进行全基因组重测序或简化基因组测序,检测分布于全基因组范围内的SNP标记,基于它们与分析性状 的连锁不平衡关系,通过各种统计分析方法,获得与这些性状关联的候选基因或基因组区域。
  • 蛋白组学
    • 发布时间: 2016 - 11 - 04
      iTRAQ是一组能标记多肽N末端和赖氨酸侧链氨基的同位素试剂。在二级质谱前,每种iTRAQ标记的同一蛋白质表现为相同的理化性质和质荷比,保证了样本间的实验均一性。 而在二级质谱中,不同样本来源的信号离子表现为不同质荷比(113-119,121)的峰,因此可以根据波峰的高度及面积,分析出不同处理的蛋白定量信息。
  • 建库服务
    • 发布时间: 2016 - 10 - 30
      建库测序是运用illumina测序平台对客户提供的合格文库直接进行测序,或者对客户提供的合格样品进行建库并测序,产出高质量的测序数据提供给客户进行生物信息学分析。生物信息学分析平台的构建,对分子生物信息数据能够快速获取;满足各种生物信息学分析所需的大规模计算能力;从互联网快速接入服务器并进行生物信息学分析。提供了集软件、硬件、数据库于一体的强大的生物信息分析平台。
  • 课题设计
  • 案例分享
    • 发布时间: 2018 - 04 - 10
      祝贺我司成功获批10项计算机软件著作权和科技型中小企业恭贺我司2018年成功申请10项计算机软件著作权,同时获批科技型中小企业资质,这一举措是国家对我司技术开发、技术服务、技术咨询和高新产品研发的肯定,同时也将以创新为使命的重担交由我司,并寄予厚望。也为我司打下了扎实的知识产权基础,为进一步提高公司高新技术产品的科学研究、研制、生产、销售,以科技成果商品化提供方便。
    • 发布时间: 2018 - 02 - 12
      大咖对于国家社科基金申请的建议本文整理了上海大学终身教授,博士生导师戴世强老师的《基金申请笔谈》,以飨读者。我评审基金申请书已有20余年。早些时候,基金委各学部每年大约让我评审15~35份申请书,近年来随着年齿渐长,基金委比较照顾我,每年评审的份数在10份以内。目前,大量申请书的评阅任务由1958~1965年出生的中青年专家在评审,我曾问过我的一些忘年交,他们每年的评审工作量平均约为20份。评审人会掌握一定的分寸,不会给所有申请书打“A”,也不会全给“C”,各自会事先掌握一定的打分比例。因此,先被评审人披阅的申请书通常会占得先机。例如,我一般把ABC等级的比例定位2:1:2,A级指标通常先用完,因此,后看的申请书多少有点“吃亏”(当然先看形式漂亮的,总体上严格按要求评阅,最后会按申请书内容的相对优劣调整打分等级)。一般说来,如果申请书写得赏心悦目,夺人眼球,总会争得好一点的“印象分”,在同一水平的申请竞争中胜出。那么,如何做到形式清新、引人入胜呢?请各位注意如下细节:1.字体恰当忌用蝇头小字,建议通篇用小四号字(除摘要等不可改变之处);最好用楷体或仿宋体,以做到有别于表格原有的宋体;重点内容可加粗、划底线,用其它颜色;2.适当分点充分利用小标题,尽可能分点描述(但也不宜层层列点);忌用过长的自然段(通篇用很长的自然段阅读时会引起视觉疲劳),每段最好不超过六行;3.图文并茂适当运用框图和插图,特别是在叙述研究方案和技术路线时,用流程图是一种可取的方式;描述研究背景和已有成果时可用合适的照片、图表、曲线;4.文字简明尽可能做到叙述通顺,简明生动,恰如其分;深入浅出,用浅显的语言阐释深奥的原理,忌用过多的生僻术语;少用缩略语,必须用缩略语时,在首次出现处标出英文全称和译文;忌用欧式语言;切忌罗嗦重复或词不达意;遣词用句不求华丽花哨,但应使人读来有兴味;5.言之有物用事实和数据说话...
    • 发布时间: 2018 - 01 - 25
      Pubmed恢复更新,说好的假期呢前两天铺天盖地的PubMed停更消息刷屏,还以为贴心的 PubMed 懂得我们要过年。今日一句「PubMed is open」、「Information will be updated to the extent possible」,剧情瞬息万变!有人欢喜有人愁!为了自科标书的最后攻坚,回家的车票,还是退了吧!从大众的反应,比如:「我们要找马云爸爸筹资买下PubMed」、「标书的查新终于可以歇歇了」、「要提前放假喽」,可以看出PubMed真是把不可或缺的神器,宅实验室溜动物房、做科研写标书必备!什么?你还不会用它追踪最新文献?Are you kidding me?说好的迎娶女博士、当上实验室总管、出任PI、走上科研巅峰呢?没关系,小编就再原谅你一次。一起来吧!1. pubmed注册还是那个熟悉的网址,没关门大吉。2. 谷歌邮箱注册账号时,对于我们来说,在可以选择的项目中,面对诸多陌生选项,肯定优选谷歌邮箱注册。至于如何获取或注册谷歌邮箱,可自行浏览器检索,或找某宝。3. Advanced注册成功登陆后,回到主界面,选择高级检索。4. 主题词搭配关注什么领域呢?这几日比较火的是《JAMA》发表的大型研究:避孕药可大大降低女性的癌症发病率!我们就简单以避孕为例,在高级检索中输入contraceptive OR contraception,两个词均用【Title/Abstract】限定。只是关注「避孕」领域的话,简单使用这两个词检索足矣。想要特全面的话,使用 Mesh 主题词检索,再用专业词典,查找出更多同义、相关词语,化学名,缩写,别名等,千万别客气!最后合并一大串词语,得到最全面的检索结果。5. 创建提醒得到检索结果后,选中检索框下方的「Create alert」,一起去创建提醒词条。6. 人性化设置① 填写名称,日后收到邮件提醒时,会包含此...
    • 发布时间: 2018 - 01 - 22
      陕西省杂交油菜研究中心生科支部举行深入贯彻十九大精神专题座谈会2018年1月17日,中心生科支部举行“拥抱新时代,共担新使命”专题座谈会,旨在结合岗位工作深入贯彻党的十九大精神、利用最新生物科技成果和新方法新策略全面促进油菜科研再上新台阶,继续加强与生物科技型企业的合作交流,实现优势互补、共赢发展。特邀中心党委书记、主任穆建新同志出席,党委副书记李有利同志以普通党员身份参加,生科支部所属研究室科研人员列席,陕西博瑞德生物科技有限公司总经理王荣凯及各部门负责人参加。座谈会由支部书记王灏同志主持。 会上,穆建新同志从十九大精神的贯彻落实、油菜产业发展的国家需求、本单位追赶超越的目标定位等方面谈了自己的体会和希望,指出单位目前工作的重点、着力点和努力的方向,强调要在十九大精神的指引下,加强应用研究和应用基础研究,加强产学研用深度融合,加强分子育种共性技术研发和创新集成,加强和科研院所、科技公司的合作交流,要在基因挖掘、基因数据库构建、功能基因解析、性状关联与生物信息学分析等研究方向着力,重点开展种质创新和育种技术创新。同时肯定了博瑞德公司入驻合作一年来,在油菜重要功能基因挖掘、分子标记开发、分子设计育种信息平台建设方面所做的工作,希望双方继续以高通量测序技术为基础,围绕油菜、大豆、小麦等作物,以生物信息学相关研究为重点,在基因组、转录组等水平合作开展比较基因组、进化基因组、重要农艺性状功能基因定位、分子育种、基因表达调控等方面深化研究,加快本单位育种科研由常规育种向分子育种的转变,保持自身优势,追赶国际先进水平。 王荣凯总经理表示,感谢油菜中心提供了良好的合作平台,表示十分看好中心油菜科研综合实力与广阔发展前景,希望进一步开展多层次多形式多领域的合作,优化资源配置,实现共赢发展。 参会同志积极发言,结合各自业务工作实际,讨论交流双方合作解决相关问题的...
    • 发布时间: 2018 - 01 - 19
      福利,如何看懂Blast结果图众所周知,同源性是预测基因和蛋白质功能的主要线索,而序列同源性的判断则离不开两个或多个序列之间相似性的检测。一般来说,序列间的相似度越高,它们是同源序列的可能性就越高。其中,序列比对无疑是评估序列相似性的最简单方法。显然,Blast就是序列比对检测的中坚力量。Blast自1990年首次亮相以来,凭借从各大数据库(EST、PDB数据库等)获取信息的能力,迅速成为序列比对界的领头羊。 老实说,Blast的界面非常友好,点击相应模块后,大家只需在序列框中丢上自己的靶序列,勾选好物种基因组,点击搜索即可! 可看着结果界面涌现出的几十个、数百个甚至数千个候选匹配序列,不少选择困难症的童鞋表示头疼不已:结果辣么多,究竟哪个才是最优解?本文以NM_001206932为例,分解BLAST结果页面,让大家迅速摆脱Blast新手身份。Blast结果解析:首先会看到一个表头,即本次比对的基本信息,如比对类型、序列长度、所选的数据库等等。如果所选的数据库不合适,请及时迷途知返哦。 接下来就是Blast的结果显示图(Graphic Summary):颜色比例尺,其中相似度从高到低排列分别为:红、紫、绿、蓝、黑,红色区域越多则表示有较好的比对结果。 而在Blast结果的描述区域,两个衡量标准最为重要:Max Score和E值(E value),前者匹配片段越长,相似性越高则Score值越大;后者是得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值的可能性越低。而点击相应注释名称,又或者在结果显示图(Graphic Summary)中点击对应的线条,均可以查看比对结果的详细信息。其中,Expect(E值)、Identities(一致性)、Gaps(缺失或插入)三项是评价blast结果的标准。E值接近零或者为零时...
  • 进展和动态
  • 科研平台
    • 发布时间: 2016 - 10 - 26
      一流分子生物学实验室博瑞德生物科技引进多名国内外知名高校博硕士专业人才,组建了一支分子生物学、遗传学、病理学及生物信息等多学科背景的专业团队。这些完备的测序平台和分子生物学实验平台,可以提供上游测序服务和下游基因功能验证服务,实现上下游实验无缝衔接。专业实验人员实验团队由专业的实验研究人员组成,严格遵循ISO15189质量体系的要求建设,经过大量项目积累,公司形成了严格的标准实验操作流程。
    • 发布时间: 2016 - 10 - 27
      Illumina测序仪原理Illumina新一代测序技术可以高通量、并行对核酸片段进行深度测序,测序的技术原理是采用可逆性末端边合成边测序反应,首先在DNA片段两端加上序列已知的通用接头构建文库,文库加载到测序芯片Flowcell上,文库两端的已知序列与Flowcell基底上的Oligo序列互补,每条文库片段都经过桥式PCR扩增形成一个簇,测序时采用边合成边测序反应,即在碱基延伸过程中,每个循环反应只能延伸一个正确互补的碱基,根据四种不同的荧光信号确认碱基种类,保证最终的核酸序列质量,经过多个循环后,完整读取核酸序列。       利用该技术,可以对任何物种(包括动物、植物、细菌、病毒、寄生虫等)在DNA水平上进行全基因组测序、基因组靶向区域测序,检测基因组范围内的遗传变异或多态性,在细菌、病毒等病原溯源上分辨率最高;在RNA水平上进行基因的表达测序分析,准确检测基因表达量和表达片段的序列信息;对DNA处理后,可以对基因组甲基化水平进行检测,从表观遗传学角度对影响基因表达的因素进行分析;利用转录因子的抗体对DNA进行处理,寻找转录因子影响的DNA序列信息,定位影响基因表达的片段;自然界存在的微生物基本上都是混合物,传统的Sanger法测序技术无法对混合物中的各微生物进行准确检测,利用新一代测序的高通量、并行性特点,通过宏基因组分析方法,可以从整体上对自然界本来状态进行分析,得到最客观信息。 Hiseq 2500系统HiSeq 2500系统是Illumina第一台特有两种运行模式的测序系统,包括快速和高通量两种模式,可使用一个或两个flowcells,具有很强的灵活和可扩展性。使用HiSeq v2试剂进行快速运行模式,可将读长提高到2x250 bp,快速模式提供更加快速的结果、数量有限样品的高效处理,以及更长的末端配对读取,这...
    • 发布时间: 2016 - 10 - 27
      超大计算集群
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    • 发布时间: 2017 - 01 - 05
      关于2017年度国家自然科学基金项目申请与结题等有关事项的通告国科金发计〔2016〕89号  为做好2017年度国家自然科学基金项目(以下简称项目)申请和2016年应结题项目结题等工作,现将有关事项通告如下:  一、项目申请  (一)项目申请接收。  1.国家自然科学基金委员会(以下简称自然科学基金委)2017年度项目申请集中接收工作自2017年3月1日开始,3月20日16时截止(3月18-19日办公,其他法定节假日不办公)。  2.2017年度集中接收申请的项目类型包括:面上项目、重点项目、重大项目、重大研究计划项目、青年科学基金项目、优秀青年科学基金项目、国家杰出青年科学基金项目、创新研究群体项目、地区科学基金项目、海外及港澳学者合作研究基金项目、部分联合基金项目、国家重大科研仪器研制项目(自由申请)、数学天元青年基金项目、重点国际(地区)合作研究项目和外国青年学者研究基金项目等。  3.不在集中接收申请范围的部分项目类型,项目指南将另行公布。对于随时受理申请的国际(地区)合作交流等项目,申请人应避开集中接收期提交申请。  (二)申请书撰写方式。  各类型项目《国家自然科学基金申请书》(以下简称申请书)一律采用在线方式撰写。  (三)申请人事项。  1.申请人应认真阅读《国家自然科学基金条例》(以下简称《条例》)、《国家自然科学基金资助项目资金管理办法》(以下简称《资金管理办法》)、《2017年度国家自然科学基金项目指南》(以下简称《指南》)和相关类型项目管理办法,于2017年1月15日后登录科学基金网络信息系统(以下简称信息系统;没有系统账号的申请人请向依托单位基金管理联系人申请开户),按照各类型项目的撰写提纲及相关要求撰写申请书。  2.申请人应根据《资金管理办法》的有关规定,以及《国家自然科学基金项目资金预算表编制说明》的具体要求,按照“目标相关性、政策相符性、经...
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    • 发布时间: 2018 - 04 - 10
      恭贺我司2018年成功申请10项计算机软件著作权,同时获批科技型中小企业资质,这一举措是国家对我司技术开发、技术服务、技术咨询和高新产品研发的肯定,同时也将以创新为使命的重担交由我司,并寄予厚望。也为我司打下了扎实的知识产权基础,为进一步提高公司高新技术产品的科学研究、研制、生产、销售,以科技成果商品化提供方便。
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  • 师资队伍
    • 发布时间: 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证知名师范院校外语系师范专业毕业,毕业以来就一直从事小学、初中的教学和研究工作,6年的任教经验,特别是一年国际学校任教的经历,让我对中、外的小学生的语言学习有了更多的认识;在我的课堂中,学生的兴趣始终是我关注的出发点; 另外,语言不仅是一门语言,同时也是一种文化;更难得是的思维习惯的养成;我喜欢活跃互动的课堂形式,有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性,同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键,各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径!
    • 发布时间: 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        Hello,我是LINDA,毕业于广州著名学府的英语教育专业,擅长地道的口语教学,多年的口语教学经验告诉我,口语学习必须要大胆开口说,英语是一种语言,重要的是懂得如何交流和沟通。流利的口语更可以提高语感,有助于更容易学习英语。我喜欢活跃互动的课堂形式,有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性,帮助你找到适合自己的英语学习方法、掌握解题的关键,独特而有个性的教学风格是我的课堂。
    • 发布时间: 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证最受学生欢迎的英语女神。 教学成绩:2013年获评明师教育最受学生喜爱女教师金奖; 2014年班均人数、带班量居英语科头名,并创下英语科目班均人数最多纪录; 曾参加高考口语,一模口语评卷工作,英语口语界权威代表。 教学特点:10年丰富的教学经验,执教高三保证班超过6年。自创语法填空(Grammar)稳夺8空技巧,小作文首句法,20分钟高分大作文速成法,助你挑战速度极限。2013年以来Sammi所带的班期期爆棚,人数居高不下,被学生奉为英语女神。
    • 发布时间: 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        拥有全国认可的英语专业最高等级证书---TEM-8,极具英语权威。刻苦钻研Task-based Language Teaching(TBLT)教学法,熟练掌握Reading, Speaking, Listening, Writing课堂教学技能,在教坛凭借新颖教学方法,获得家长和学生一致好评,获得“最佳教师奖”。 “3P”魅力(Professional, Passionate, Patient)专业+热情+耐心=100% 魅力 Rachel执教的英语课堂生动有趣
    • 发布时间: 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国,英国,加拿大,澳洲,新西兰)·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证经验丰富·考点明确:Sarah具有丰富的教学经验,长期担任明师初中英语教材组成员,负责各大名校试卷分析工作,熟知初中各年级英语考点,提炼各类“易错题”、“高频题”;善于归纳解题方法和构建、整理知识结构体系;同时擅长针对考试题型演示解题方法,炮制最适合学生的“抢分秘笈”。 幽默课堂·轻松学习:Sarah以独特的“栋笃笑”风格,打造具有个人特色的幽默课堂,为学生们提供轻松、愉悦的学习环境。对于初中英语较难的知识点,Sarah善于以生动有趣的例子诠释,加速学生的理解及记忆。
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    • 发布时间: 2013 - 12 - 02
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    • 发布时间: 2013 - 12 - 02
      An overview of our assembly strategy is shown in Figure 1. We started with a SOAPdenovo- based de novo assembly of Illumina sequence data from human HapMap sample NA12878, which had a contig N50 of 11.1 kb and a scaffold N50 of 590 kb after filtering for scaffolds that were at least 3 kb in length (...
    • 发布时间: 2013 - 12 - 02
      Transposable elements and expression of retrotransposons Long terminal repeat (LTR) retrotransposons were identified using structural criteria10,11. About 44% of the assembly was accounted for by TEs (Supplementary Table 8 ). LTR retrotransposons were the most abundant of these elements, repres...
    • 发布时间: 2013 - 12 - 02
      Winter dormancy is a well known mechanism adopted by temperate plants, to mitigate the chilling temperature of winters. However, acquisition of sufficient chilling during winter dor-mancy ensures the normal phenological traits in subsequent growing period. Thus, low tem-perature appears to play cruc...
    • 发布时间: 2013 - 11 - 28
      Whole genome protein families were classified by InterProScan analysis (Jones et al., 2014). The peptidase families were identified by BLASTP searching against MEROPS peptidase database release 9.12 with a cutoff e-value of 1e-20 (Rawlings et al., 2014). The transporters were classified on the b...

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将16s RNA copy信息准确评估微生物多样性

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设计时间: 2017-10-16
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导语

目前16s RNA已经被广泛应用到对微生物多样性的评估当中,但是我们一般都会遇到一些问题,我们该怎么解决?一起来看看。


问题:

将16s RNA copy信息准确评估微生物多样性

G 代表测序中某个分类对应的reads

N 代表某个分类表达量

C 代表copy数目

所以说copy数目,对最后微生物多样性的评估影响比较大,而根据目前已知的16s RNA copy数目从1-15之间从在较大的差异性,因此为了弥补这样的差异性,一般可以寻找单copy的新的分子标记物,例如ropB基因等等。但是这样的分子又没有被广泛使用,所以对于后期的处理也带来了一定的难度。

为了解决以上的问题,我们仍然采用16s RNA作为生物分子学标记,然后融入copy信息,主要是借助进化树的相关方法:

将16s RNA copy信息准确评估微生物多样性

通过copy数字主要来自rrnDB database [1]

具体到实现过程:

1:测序数据(sequence reads)

2: Aligned and masked to the same Greengenes core data set as the reference taxa using PyNAST

3:建立进化树(pplacer)

4:使用文献[3]提供的R脚本,建立合理的16s rRNA物种丰度表达

参考文献:

1. Klappenbach, J.A., et al., rrndb: the Ribosomal RNA Operon Copy Number Database.Nucleic Acids Research, 2001. 29(1): p. 181-184.

2. Case, R.J., et al., Use of 16S rRNA and rpoB Genes as Molecular Markers for Microbial Ecology Studies. Applied and Environmental Microbiology, 2007. 73(1): p. 278-288.

3. Kembel, S.W., et al., Incorporating 16S Gene Copy Number Information Improves Estimates of Microbial Diversity and Abundance. PLoS Comput Biol, 2012. 8(10): p. e1002743.

        特别声明:本文来源于fanyucai的博客,仅仅是出于传播信息的需要,作者如果不希望被转载或者联系转载稿费等事宜,请与我们接洽。

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