革命性的第三代测序 ---全长转录组,微生物基因组,基因组de novo
第三代基因测序技术又被为 “Single Molecule Real Time (SMRTTM) DNA Sequencing”(单分子实时DNA测序技术),该方法基于纳米孔的单分子读取技术,不需要扩增即可快速读取序列。目前,Pacific Biosciences 公司已经成功推出了商业化的第三代测序仪PacBio RS平台,使得第三代测序正式走入人们的视角。
技术优势:
• 更长的测序读长 (平均读长可超过10000 bp,有超过50%的读长大于14000 bp),可大幅提高定位准确性及拼接效率,有利于阐释基因组所发生的变异以及大尺度结构重排等信息并发现其相关的生物学意义。
• 单分子实时检测,模板制备时无需PCR扩增,每一条模板链都可获得相应序列信息,数据覆盖均匀,准确;可以检测稀有变异;
• 可同时获得动力学信息,可进行甲基化等修饰碱基的直接测定;
• 覆盖深度几乎不受序列中GC/AT含量差异的影响;
• 从样本制备到获取序列信息简便快捷;
参考文献
Donald S, Hagen T, Fabian G, et al. A single-molecule long-read survey of the human transcriptome [J]. Nature biotechnology, 2013.
Flusberg B A, Webster D R, Lee J H, , et al. Direct detection of DNA methylation during single-molecule,real-time sequencing [J]. Nat Method, 2010.
Chin C S, Alexander D H, Marks P, et al. Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from long-read SMRT sequencing data [J]. Nat Methods, 2013.