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2016
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Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybeanNature Biotechnology,2015.04一、 研究背景大豆是具有很大经济价值的农作物，在全球的油料生产中占一半以上的比例。早在5000年前的中国，人们就开始将野生大豆进行驯化，使野生大豆变为耕作的农作物，之后引入到其他国家。人们往往只将有限数量的优良品种用于培育下一代，极大地降低了基因多样性，同时，全基因组基因多样性的研究以及对有利于品种改良的基因的判定对选育更优良品种至关重要，为此，来自中国科学院遗传与发育生物学研究所以及中国科学院昆明动物研究所等团队共同合作，对302个大豆基因组进行重测序，研究大豆在改良过程中基因组的动态变化，为进一步改良大豆的农艺性状提供了基础。对与重要农艺性状相关的基因进行定位，推动未来大豆品种选育。二、研究方法与结果1.基因组变异用于重测序的302个大豆基因组包括62个野生型大豆(G. soja)，130个本地品种和110个改良品种。这些样本的地理分布见图a，包括中国、韩国、日本、俄罗斯、美国和加拿大。将重测序的302个大豆基因组映射到82个参考基因组上，发现9,790,744g个SNP位点以及876,799个插入缺失位点(≤6bp）。考虑到野生和驯化大豆的基因多样性，研究者用之前报道过的G. soja特定基因序列作为参考基因组，将重测序基因重新映射。野生大豆映射到G. soja上的比率要高于驯化大豆与改良大豆。另外，G. soja上与一半的与抗性相关的基因在驯化大豆和改良大豆中丢失。2.大豆群体结构和连锁不平衡使用Medicago truncatula（蒺藜苜蓿）作为外群，研究者进行全基因组...