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年份:
2017
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【中英文题目】An evaluation of thePacBio RS platform for sequencing and de novo assembly of a chloroplast genome通过对叶绿体基因组的测序及从头组装对PacBio RS测序平台进行评估【基本信息】期刊:BMC GENOMICSIF:4.276年份:2013【摘要】背景:二代测序技术已经可以为越来越多的非模式生物在全基因组水平上描述序列特征,但是,测序读长较短,基因覆盖区具有偏向性,后期组装繁琐。PacBio RS测序平台增加了reads长度,基因覆盖区无偏向性,因此,最终产生的基因组序列就拥有较少的gap和较长的contig。但是,三代测序的缺点是成本和错误率都较高。本次研究通过对Potentilla micrantha(委陵菜甘菊)叶绿体基因组的测序以及从头组装从而对PacBio RS测序平台进行评价。结果:从叶绿体基因组中一共得到28,638个PacBio RS reads,每个reads的平均长度为1,902bp, 测序深度为320×。对于单个contig,PacBio RS测序数据完全覆盖了叶绿体基因组的154,959bp (100% coverage),相比Illumina七个contig(90.59% coverage),而且,对于GC富集区域也并没有明显偏好性。后期序列的组装与Illumina类似,允许在两端的反向重复区域存在一些差异。结论:本次研究是基于叶绿体基因组PacBio测序数据进行从头组装的第一次报道,用来组装的PacBio数据只产生一个较大的contig,与Illumina相比,产生的reads较长并且具有较低的GC偏好性。研究表明,PacBio测序对于基因组研究具有很大的实用性,相比Illumina产生的短reads,它并不会产生很多gap和...