高通量测序结果全方位验证策略
2017.12.13 陕西博瑞德生物科技有限公司
二代测序结果已出,差异基因一目了然,但是如何通过实验的方法对数据进一步验证是很多老师们手足无措的事情,今天,就为大家介绍下常用的二代测序验证方法。
1 定性定量实验方案
1.1 实时荧光定量qPCR检测
实时荧光定量PCR(Real-time Quantitative PCR Detecting System,qPCR)作为最常见的二代测序验证方法,广泛应用于二代测序结果的定性定量研究。转录组测序基于生物信息分析计算出的多基因表达量会存在一定误差,而qPCR可检测特定基因的表达丰度,特异性更高。
1.2 Northern-blot
首先通过电泳的方法将不同的RNA分子依据其分子量大小加以区分,然后通过与特定基因互补配对的探针杂交来检测目的片段。步骤如下:
2 功能验证实验方案
2.1 构建过表达株系
DNA片段被转入特定生物中,与其本身的基因组进行重组,再从重组体中进行数代的人工选育,从而获得具有稳定表现特定的遗传性状的个体。步骤如下:
2.2 小干扰RNA(siRNA)株系
siRNA可经过多种不同转染(transfection)技术导入细胞内,并对特定基因产生具专一性的敲降(knockdown)效果。步骤如下:
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