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  • 植物遗传转化
    • 植物遗传转化概况总览
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      服务内容可转化品种周期目的基因克隆以及转化载体构建（可选）15个工作日拟南芥遗传转化T0代种子Col-0, Ler-01.5-2个月T1代种子延长2个月纯系筛选延长2个月烟草遗传转化T0代植株本氏烟，NC89等3.5个月番茄遗传转化T0代植株Micro-Tom、AC4.5个月油菜遗传转化T0代植株Westar等6个月小麦遗传转化T0代植株秦麦系列或自备品种4-6个月马铃薯遗传转化T0代植株DM1、GN2或自备品种6-10个月（因品种而异）棉花遗传转化T0代植株晋棉7号或自备品种6-12个月（因品种而异）玉米遗传转化T0代植株HiII8个月水稻遗传转化T0代植株不受基因型限制4个月杨树遗传转化T0代植株10个月苹果遗传转化T0代植株嘎啦，绿袖10个月葡萄遗传转化T0代植株无核白，赤霞珠10个月大豆遗传转化T0代植株威廉姆斯826个月       甘蓝遗传转化    T0代植株               6个月       苜蓿遗传转化    T0代植株              10个月非常规物种遗传转化服务合作研发服务说明：1. 全年均可开展项目实验；2. 按服务项目商定时间向客户提供项目报告，包括：（1）进度描述（2）实验图片及方法说明3. 客户可以对项目服务选项、提出个性化要求，双方协商确定技术方案和费用。
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    • 水稻遗传转化
      发布时间： 2021 - 03 - 11
      以水稻成熟胚为材料，快速、高质量的诱导水稻胚性愈伤组织作为遗传转化受体材料，用携带目标基因载体的农杆菌侵染受体材料，将T-DNA插入到基因组中，经过对应抗性的抗生素筛选，获得独立的抗性愈伤组织，进一步分化再生为遗传转化株系。实验受体：       日本晴、中花11实验流程：服务内容：       转化载体构建       继代培养，诱导出淡黄色的颗粒状的胚性愈伤组织       农杆菌介导的水稻遗传转化，筛选       诱导分化、生根       转基因苗外源基因PCR检测实验周期：       项目启动日之后3-4个月实验交付结果：       1、阳性株系10-15株       2、实验结题报告
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    • 杨树遗传转化
      发布时间： 2021 - 03 - 11
      以叶片、茎段作为转基因受体材料，用携带目标基因载体的农杆菌侵染受体材料，将T-DNA插入到基因组中，经过对应抗性的抗生素筛选，获得独立的抗性愈伤组织，进一步分化再生为转基因株系。实验流程：实验受体：      717、84K服务内容：         转化载体构建      杨树无菌苗的培育      农杆菌介导的杨树遗传转化，筛选      阳性愈伤诱导、不定芽分化      再生绿苗的生根      T0代转基因苗外源基因PCR检测实验周期：      项目启动日之后： 717需要5-6个月，84K需要8-9个月实验交付结果：      1、5-10个阳性株系      2、实验结题报告
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    • 油菜遗传转化服务
      发布时间： 2018 - 01 - 19
      本公司具有成熟的油菜遗传转化体系，已在多种油菜品种上实现成功转化。本公司提供大规模、标准化的转基因技术服务，全年均可开展项目试验。可在短期内高效率的获得转基因的油菜株系。我公司针对遗传转化项目特提供各阶段项目进展报告。可转受体：K407、中双11、westar及其他甘蓝型油菜技术流程：服务内容：转化载体构建油菜无菌苗的培育农杆菌介导的油菜遗传转化，筛选阳性愈伤诱导、不定芽分化再生绿苗的生根、壮苗T0代转基因苗外源基因PCR检测服务周期：       转化开始到获得T0代转基因苗，共需要3-4个月。交付结果：        1、每个标准转化提供10个独立转化株系；        2、实验结题报告
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    • 甘蓝遗传转化服务
      发布时间： 2017 - 12 - 18
      本公司具有成熟的甘蓝遗传转化体系，提供大规模、标准化的遗传转化技术服务，全年均可开展项目试验。可在短期内高效率的获得转基因的甘蓝株系。我公司针对遗传转化项目特提供各阶段项目进展报告。           技术流程：服务内容：转化载体构建甘蓝无菌苗的培育农杆菌介导的番茄遗传转化，筛选阳性愈伤诱导、不定芽分化再生绿苗的生根、壮苗T0代转基因苗外源基因PCR检测交付结果：       1、每个标准转化提供10个独立转化株系       2、实验结题报告
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    • 马铃薯遗传转化服务
      发布时间： 2017 - 12 - 08
      本公司具有成熟的马铃薯遗传转化体系，通过农杆菌介导的侵染法已在多种马铃薯品种上实现成功转化。本公司提供大规模、标准化的转基因技术服务，全年均可开展项目试验。可在短期内高效率的获得转基因马铃薯株系。我公司针对遗传转化项目特提供项目各阶段的进展报告。技术流程：服务内容：  转化载体构建  马铃薯无菌苗的培育  农杆菌介导的马铃薯遗传转化，筛选  阳性愈伤诱导、不定芽分化  再生绿苗的生根  T0代转基因苗外源基因PCR检测服务周期：       项目启动之日起后的6-10个月实验交付结果：      1、10个株系       2、实验结题报告
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    • 拟南芥遗传转化服务
      发布时间： 2017 - 12 - 08
      拟南芥作为一种模式植物，植株小、结子多、基因组小、自花受粉，并且种植方便，条件易得，遗传转化方法简单，多年来对于拟南芥转基因研究非常热门，相关的论文也有很多。本公司拟南芥转基因所使用的方法主要是农杆菌介导的花序浸染法。服务内容：转化所用拟南芥的培养含有目的基因的农杆菌菌株培养拟南芥遗传转化T0代种子T1代种子纯系筛选服务周期：        全年均可开展实验；从转化开始到获得T0代转基因种子，需1.5-2个月；T0筛选种植，获得T1种子，需3.5-4个月；纯系筛选需5.5-6个月。实验交付结果：       1、T1代种子       2、实验结题报告
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    • 烟草遗传转化服务
      发布时间： 2017 - 12 - 08
      本公司具有成熟的烟草遗传转化体系，已在本氏烟草、SR1等多种品种上实现成功转化。本公司提供大规模、标准化的转基因技术服务，全年均可开展项目试验。可在短期内高效率的获得转基因的烟草株系。我公司针对遗传转化项目特提供项目各阶段进展报告。技术流程：服务内容：转化载体构建烟草无菌苗的培育农杆菌介导的烟草遗传转化，筛选阳性叶盘愈伤诱导、不定芽分化再生绿苗的生根、壮苗T0代转基因苗外源基因PCR检测服务周期： 从转化开始到获得T0代转基因苗的检测结果，共需要3.5个月。实验交付结果：        1、10-15个株系        2、实验结题报告
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    • 番茄遗传转化服务
      发布时间： 2017 - 10 - 26
      本公司具有成熟的番茄遗传转化体系，已在多种番茄品种上实现成功转化。本公司提供大规模、标准化的转基因技术服务，全年均可开展项目试验。可在短期内高效率的获得转基因的番茄株系。我公司针对遗传转化项目特提供各阶段项目进展报告。技术流程：服务内容：转化载体构建番茄无菌苗的培育（可转化受体microTom、AC等）农杆菌介导的番茄遗传转化，筛选阳性愈伤诱导、不定芽分化再生绿苗的生根、壮苗T1代转基因苗外源基因PCR检测服务周期：         转化开始到获得T1代转基因苗，共需要3-4个月。实验交付结果：1、提供实验过程的载体构建图片、载体测序结果、大肠杆菌、农杆菌、转化过程侵染、愈伤、出苗、生根相应时期的图片、并提供10个以上独立转化系阳性苗。2、实验结题报告。
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  • 分子生物学服务
    • 双分子荧光互补分析服务（BiFc）
      发布时间： 2017 - 05 - 25
      BiFC技术可以直观、快速地判断目标蛋白在活细胞中的定位和相互作用。将蛋白在某些特定的位点切开，形成不发荧光的N和C端2个多肽，称为N片段(N-fragment)和C片段(C-fragment)。这2个片段在细胞内共表达或体外混合时，不能自发地组装成完整的荧光蛋白，在该荧光蛋白的激发光激发时不能产生荧光。但是，当这2个荧光蛋白的片段分别连接到1组有相互作用的目标蛋白上，如果目标蛋白质之间有相互作用，则在激发光的激发下，产生该荧光蛋白的荧光。反之，若蛋白质之间没有相互作用，则不能被激发产生荧光。实验流程服务内容 采用拟南芥原生质体为受体细胞，结果更加可靠，更具说服力。同时可以采用烟草叶肉表皮细胞作为受体细胞，性价比高，实验周期短。
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    • 亚细胞定位载体构建和亚细胞定位服务
      发布时间： 2017 - 05 - 25
      亚细胞定位是指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位。例如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。GFP是绿色荧光蛋白，相当于要给研究的物质加上标记，起着报告蛋白的作用。使用GFP必须构建融合蛋白载体，并在转染之后有效表达。若在荧光显微镜下看到细胞内某一部位存在GFP信号，说明和GFP融合的蛋白也存在于该部位，确定某物质亚细胞的定位。  实验流程服务内容 采用拟南芥原生质体为受体细胞，结果更加可靠，更具说服力。同时可以采用烟草叶肉表皮细胞作为受体细胞，性价比高，实验周期短
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    • 原核表达服务
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      E. coli是重要的原核表达体系。在重组基因转化入E. coli菌株以后，通过温度的控制，诱导其在宿主菌内表达目的蛋白质，将表达样品进行SDS-PAGE以检测表达蛋白质。提高外源基因表达水平的基本手段之一，就是将宿主菌的生长与外源基因的表达分成两个阶段，以减轻宿主菌的负荷。常用的有温度诱导和药物诱导。服务内容1.原核表达载体构建 2.表达克隆筛选 3.蛋白表达及纯化 提供多种纯化标签：6*His、MBP、GST等 应用： 1.多克隆抗体制备 2.酶活实验
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    • 抗体定制服务
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      根据植物蛋白序列分析具有抗原特征的多短肽序列作为抗原，通过人工合成短肽进行免疫新西兰大白兔或者小鼠获得多克隆抗体。获得目标蛋白的抗体，可用于植物体内蛋白表达量的鉴定，用于Western blot或者elisa分析，蛋白质含量鉴定是分析基因表达量最具有说服力的实验结果。 服务内容 服务名称客户提供抗原类型服务内容交付标准多肽抗原亲和纯化目的基因序列合成多肽a. 抗原肽设计b. 10-14mg化学多肽合成c. 2只新西兰大白兔免疫d. 多肽抗原亲和纯化　1. 2mg纯化多肽2. 0.5mg免疫球蛋白3. 2-10mg 多肽抗原纯化抗体4. ELISA检测结果 (=1:32000)5. 完整项目报告快速多肽抗原亲和纯化目的基因序列合成多肽a. 抗原肽设计b. 10-14mg化学多肽合成c. 2只新西兰大白兔免疫d. 多肽抗原亲和纯化1. 2mg纯化多肽2. 0.5mg免疫球蛋白3. 1-5mg 多肽抗原纯化抗体4. ELISA检测结果 (=1:32000)5. 完整项目报告
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    • 酵母双杂交
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      酵母双杂交技术不仅应用于哺乳动物蛋白质之间的相互作用研究，还可以用来研究高等植物蛋白质之间的相互作用。其基本原理是酵母的转录激活因子GAL4由两个可以分开的、功能上相互独立的结构域(domain)组成，N端有一个由147个氨基酸组成的DNA结合域(DNA binding domain,BD)，C端有一个由113个氨基酸组成的转录激活域(transcription activation domain,AD)。BD可以和上游激活序列(upstream activating sequence，UAS)结合，而AD则能激活UAS下游的基因进行转录。但是，单独的BD或AD不能激活基因转录，它们之间只有通过某种方式结合在一起才具有完整的转录激活因子的功能。酵母双杂交系统主要利用酵母的GAL4的这个特性通过两个杂交蛋白在酵母细胞中的相互结合及对报告基因的转录激活来研究活细胞内蛋白质的相互作用。  服务内容•酵母双杂cDNA文库构建•诱饵载体构建•转化酵母细胞•诱饵质粒酵母细胞的毒性检测•诱饵蛋白的自激活验证•验证诱饵蛋白与靶蛋白的互作•文库筛选测序•阳性克隆回复杂交验证•提供完整的实验图片以及报告单，文库质粒
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    • 酵母单杂交
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      酵母单杂交技术是新近发展起来的一种体外研究ＤＮＡ与蛋白质相互作用的技术。主要用途有①确定已知DNA—蛋白质之间是否存在相互作用；②分离结合于目的顺式调控元件或其他短DNA结合位点蛋白的新基因；③定位已经证实的具有相互作用的DNA结合蛋白的DNA结合结构域，以及准确定位与DNA结合的核苷酸序列。许多真核生物的转录激活子由物理和功能上独立的DNA结合区(DNA-binding domain BD)和转录激活区(Activation domain AD)组成，因此可构建各种基因与AD的融合表达载体，在酵母中表达为融合蛋白时，根据报道基因的表达情况，便能筛选出与靶元件有特异结合区域的蛋白。转录因子与顺式元件结合，激活最基本启动子，使得报告基因表达，若连接如3个以上顺式作用元件，可增强转录因子的识别和结合效率。服务内容 • 酵母单杂载体构建• 筛选顺式元件对AbA的抗性• 验证顺式元件与转录因子的结合 • 酵母单杂文库构建 • 酵母单杂文库筛选并测序分析• 阳性克隆验证 • 提供完整的实验图片以及报告单
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    • Southern blot
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      检测样品中的DNA及其含量，了解基因的状态, 如是否有点突变、扩增重排等，是进行基因组DNA特定序列定位的通用方法。一般利用琼脂糖凝胶电泳分离经限制性内切酶消化的DNA片段，将胶上的DNA变性并在原位将单链DNA片段转移至尼龙膜或其他固相支持物上，经干烤或者紫外线照射固定，再与相对应结构的标记探针进行杂交，用放射自显影或酶反应显色，从而检测特定DNA分子的含量。实验流程  服务内容•DNA提取•引物设计•DNA检测•探针制备•基因组DNA酶切•转膜•杂交•洗膜、信号检测•提供实验结果图片，完整的实验报告
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    • Western blot
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      Western blot用于目的蛋白的表达特性分析、组织定位、表达量分析及与其他蛋白的互作。 采用的是聚丙烯酰胺凝胶电泳，被检测物是蛋白质，“探针”是抗体，“显色”用标记的二抗。经过PAGE分离的蛋白质样品，转移到固相载体（例如硝酸纤维素膜NC膜）上，固相载体以非共价键形式吸附蛋白质，且能保持电泳分离的多肽类型及其生物学活性不变。以固相载体上的蛋白质或多肽作为抗原，与对应的抗体起免疫反应，再与酶或同位素标记的第二抗体起反应，经过底物显色或放射自显影以检测电泳分离的特异性目的基因表达的蛋白成分。实验流程服务内容•蛋白定量结果 实验流程 检测结果•提供实验结果图片，完整的实验报告
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    • cDNA末端快速扩增技术(RACE)
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends, RACE)技术是一种基于mRNA反转录和 PCR技术建立起来的、以部分的已知区域序列为起点,扩增基因转录本的未知区域,从而获得mRNA(cDNA)完整序列的方法。简单的说就是一种从低丰度转录本中快速增长cDNA5’和cDNA3’末端，进而获得全长cDNA简单而有效的方法，该方法具有快捷、方便、高效等优点,可同时获得多个转录本。因此近年来RACE技术已逐渐取代了经典的cDNA文库筛选技术,成为克隆全长cDNA序列的常用手段。服务内容• RNA提取• 反转录• 扩增片段以及检测• 扩增全长片段测序报告一份；• 扩增的全长片段的电泳图；• 含全长片段的质粒及细菌各一份；• 完整的实验报告单
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    • 实时荧光定量服务（QRT-PCR）
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      实时荧光定量 PCR 就是是一种应用广泛的研究基因表达模式的方法， 通过对 PCR 扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测从而实现对起始模板定量及定性的分析。在实时荧光定量 PCR 反应中，引入了一种荧光化学物质，随着 PCR 反应的进行，PCR 反应产物不断累计，荧光信号强度也等比例增加。每经过一个循环，收集一个荧光强度信号，这样我们就可以通过荧光强度变化监测产物量的变化，从而得到一条荧光扩增曲线。     服务说明：•引物设计与合成•DNA/RNA抽提•反转录（针对RNA）•上机定量分析•实验报告：详细操作步骤 原始数据：溶解曲线图，扩增曲线图，ct
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    • 载体构建及DNA操作分子服务
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      nmicroRNA过表达/干扰载体构建pCAMBIA1301、pCAMBIA1302、pCAMBIA2300、pCAMBIA2301、pCAMBIA3301、pBI121、pBI221等nsiRNA转基因载体构建n转基因过表达载体构建pCAMBIA1301、pCAMBIA1302、pCAMBIA2300、pCAMBIA2301、pCAMBIA3301、pBI121、pBI221等n转基因互补载体构建n启动子分析载体构建n启动子系列缺失载体构建pCAMBIA1301、pCAMBIA2301、pCAMBIA3301、pBI121等n基因克隆与点突变n全基因合成
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  • 基因编辑服务
    • CRISPR/Cpf1载体构建服务
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      2015年9月25日，发表在《细胞》杂志上的一项研究中，张锋领导的研究小组找到一种叫做Cpf1的蛋白，可能将克服CRISPR-Cas9系统应用中的一些限制，从而让该技术更简单、更精准。 CRISPR/Cpf1载体系统优点第一， 大小不同。Cas9剪切DNA需要两个小RNA分子，而Cpf1只需要一个。Cpf1酶比标准的SpCas9要小，更容易进入组织和细胞。第二， 剪切方式不同。Cas9是在同一个位置同时剪切DNA分子的双链，最后形成的是分子生物学家常称的平末端；而Cpf1剪切后形成是两个不同长度的链，被称之为黏性末端。第三， 剪切位置不同。Cpf1剪切时离识别位点很远。第四， Cpf1系统在目标位置的选择上提供了灵活性。像Cas9一样，Cpf1复合物首先必须连接一个叫做PAM的短序列，目标位置必须是与天然存在的PAM序列相邻。与Cas9相比，Cpf1复合物识别的PAM序列是非常不同的。
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    • CRISPR/Cas9载体构建服务
      发布时间： 2017 - 05 - 24
      采用CRISPR/Cas9技术对植物基因组进行编辑，可针对基因组任何位点进行敲除。★ 特异性基因识别★ 高效的基因敲除★ 设计简单快速，费用低客户需提供材料：基因登录号或ORF序列实验结果：靶基因敲除的T0转基因植株实验周期：3-12个月（根据物种转化难易度协商）受体材料：马铃薯、油菜、棉花、番茄、烟草、苹果、玉米、水稻等
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  • 转录调控
    • 全长转录组测序
      发布时间： 2016 - 11 - 08
      二代测序无法准确获得基因完整的5’UTR区和3’UTR区。基于PacBio三代测序读长长的优势，mRNA序列无需打断即可测通，获得全长转录本，提供精确的可变剪接和转录起始位点信息，准确分辨同源异构体，同源基因，家族基因和等位基因，为下游分子克隆实验提供极佳序列文库。对于特异种质资源，可以发现鉴定新基因。
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    • 真核转录组测序
      发布时间： 2016 - 10 - 28
      转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。一般如不特殊说明，转录组测序指的是狭义转录组测序。转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。
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    • 原核转录组测序
      发布时间： 2016 - 10 - 28
      原核转录组测序是基于HiSeq平台，构建链特异性文库，研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA。由于原核生物mRNA没有polyA尾结构，需要采用去除rRNA的方法构建文库，针对不同的研究物种采取有效的方法去除rRNA，保证数据质量。
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    • Small RNA测序
      发布时间： 2016 - 10 - 28
      Small RNA是生命活动重要的调控因子，短小的序列长度（如microRNA一般在18-30nt之间）;种类繁多， siRNA（小干扰RNA ）， microRNA（微小RNA），还有其他一些种类的小RNA，如piRNA（蛋白互作小RNA），snRNA（小核RNA），snoRNA（核仁小RNA）等种类；几乎存在于所有的生物体中；在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等过程中发挥着重要作用。
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    • LncRNA测序
      发布时间： 2016 - 10 - 28
      lncRNA（long noncoding RNA）是一类长度超过200nt的长链非编码RNA，通过与DNA、RNA或蛋白质结合， 在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。lncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNA和mRNA。
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    • circRNA测序
      发布时间： 2016 - 10 - 28
      环状RNA（circRNA）是区别于传统线性RNA的一类新型RNA，具有闭合环状结构，大量存在于真核转录组中。在不同的物种中具有保守性，同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。circRNA通过海绵效应，竞争性的吸附和结合miRNA，从而抑制miRNA功能的行使；通过与RNA结合蛋白(RBP)结合，形成复合物，对RNA的转录过程进行调控；通过内部核糖体进入位点（IRES）序列，与核糖体结合，环状会开环呈线性，然后重新发挥翻译蛋白质的功能。
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    • 降解组测序
      发布时间： 2016 - 10 - 28
      降解组测序（Degradome Sequencing）主要针对miRNA介导的剪切降解片段进行深度测序，从实验中筛选miRNA作用的靶基因，并结合生物信息学分析优势，确定降解片段与miRNA精确的配对信息。该技术能从细胞或组织中准确高效地筛选出miRNA的靶基因，为研究miRNA与其对应的靶基因的相互关系提供准确、高效的筛选手段。
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    • 宏转录组测序
      发布时间： 2016 - 10 - 28
      宏转录组学是一门在整体水平上研究某一特定环境、特定时期群体生物全基因组转录情况以及转录调控规律的学科。宏转录组测序可原位研究特定生境特定时空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况。结合理化因素的检测，宏转录组可研究多样本间由于理化等指标的差异，时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。
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    • 单细胞转录组测序
      发布时间： 2016 - 10 - 30
      单细胞转录组测序（Single cell RNA sequencing）是在单个细胞水平对mRNA和lincRNA进行高通量测序的一项新技术，针对单个细胞研究其整体水平的基因表达情况，成功解决细胞分子机制研究中常见的细胞异质性、细胞量少而无法进行常规高通量测序等难题。
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    • 比较转录组与泛转录组
      发布时间： 2016 - 10 - 30
      比较转录组测序是基于Illumina HiSeq测序平台，通过RNA-seq技术手段研究物种进化，通过不同物种或亚种间mRNA序列差异进而分析近源物种间的亲缘关系，挖掘明显受到正向选择或负向选择的基因。泛转录组测序不仅能分析比较转录组的内容，同时还可以构建共表达网络，挖掘关键基因模块。
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  • 微生物测序
    • 宏基因组测序
      发布时间： 2016 - 10 - 30
      宏基因组测序是以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象，只需要提取环境微生物总DNA进行研究。采用HiSeq或者MiSeq测序仪进行高通量测序，它摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，采用新一代高通量测序技术对环境微生物样品的DNA直接测序。
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    • 微生物重测序
      发布时间： 2016 - 10 - 30
      微生物基因组的重测序，是基于小片段文库的高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息，以精准快捷为特点，系统全面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。
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    • 细菌基因组de novo
      发布时间： 2016 - 10 - 30
      随着细菌基因组研究的迅速发展，全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间，让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。
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    • 真菌基因组de novo
      发布时间： 2016 - 10 - 30
      真菌属于较低等的真核生物，种类繁多，在自然界中分布广泛。据估计，全世界约有150万种真菌，其中包含许多具有重要的药用价值和食用价值的有益真菌，同时也存在着大量能引发动植物病害的致病菌。因此，合理利用有益真菌，控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。而真菌基因组的阐明，将为真菌特性的分析提供有用的依据。随着第二代高通量测序技术的成熟，基因组测序成本已大大降低，使得快速而经济的进行真菌基因组测序成为可能，目前真菌基因组学研究已经进入了一个快速增长时期。
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    • 16S 18S ITS等扩增子测序
      发布时间： 2016 - 10 - 30
      16S/18S/ITS等扩增子测序是通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目标区域，通过检测目标区域的序列变异和丰度，以研究环境微生物多样性及群落组成差异。ITS分为两个区域：ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于5.8S和28S之间。16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。
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  • 动植物基因组
    • 泛基因组测序
      发布时间： 2016 - 10 - 27
      泛基因组包括核心基因组 (Core genome) 和非必须基因组 (Dispensable genome)。其中，核心基因组由所有样本中都存在的序列组成，一般与物种生物学功能和主要表型特征相关，反映了物种的稳定性；非必须基因组由仅在单个样本或部分样本中存在的序列组成，一般与样本对特定环境的适应性或特有的生物学特征相关，反映了样本的特性。
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    • 全基因组de nove测序
      发布时间： 2016 - 10 - 27
      De novo 测序也叫基因组从头测序，不需要任何基因序列信息即可对某个物种进行测序。通过对基因组序列未知或没有近源物种基因组信息的某个物种，对其不同长度基因组DNA片段及其文库进行序列测定，用生物信息学的分析方法对序列进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。目前广泛应用于从头解析未知物种的基因组序列、基因组成、进化特点等。
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    • 全基因组survey
      发布时间： 2016 - 10 - 27
      基因组调研图研究是对于没有基因组参考序列的物种，基于小片段文库的低深度测序数据，可以有效地评估基因组大小、GC含量、杂合度高低以及重复序列含量等信息，是全面了解某一物种基因组特征的有效方法；此外，通过基因组调研分析也可对基因组进行初步组装。
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    • 群体进化
      发布时间： 2016 - 10 - 27
      针对某一物种的种内或亚种进行全基因组重测序或简化基因组测序获得基因组信息，通过与参考基因组比对，得到大量高准确性的SNP、InDel、SV等变异信息，讨论群体的遗传结构、遗传平衡和影响平衡的因素，从而从分子层面揭示该物种的进化机制、环境适应性等系列问题。
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    • 全基因组甲基化测序
      发布时间： 2016 - 10 - 28
      全基因组DNA甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）是将重亚硫酸盐处理方法和Illumina HiSeq高通量测序平台相结合，对有参考基因组的物种在全基因组水平进行高精准甲基化研究。WGBS可以实现单碱基分辨率的甲基化位点精准、高效定位。
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    • Hi-C测序
      发布时间： 2016 - 10 - 27
      Hi-C技术是染色体构象捕获（Chromosome conformation capture，简称为3C）的一种衍生技术，是指基于高通量进行染色体构象的捕获，结合生物信息学分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA 在空间位置上的关系，构建染色体跨度单体型，同时捕获不同基因座位上之间的空间交互信息，获得高分辨率的染色质三维结构信息，并能开发调控基因的DNA元件。
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  • 功能基因定位
    • BSA性状定位
      发布时间： 2016 - 10 - 27
      针对研究的目标性状，选择表型极端差异的亲本构建遗传群体或家系。利用混池分组分析法（Bulk Segregant Analysis-BSA），对该家系目标性状表型极端的子代分别混合成的两个样本混池进行测序，同时对亲本进行测序，检测与性状相关联的位点并注释，研究基因控制目标性状的机制。
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    • 变异检测
      发布时间： 2016 - 10 - 27
      利用全基因组重测序或简化测序技术对某一物种个体或群体的基因组进行测序及差异分析，可获得SNP、InDel、SV、CNV等大量的遗传多态性信息，建立遗传多态性数据库，为后续揭示进化关系、功能基因挖掘等奠定基础。
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    • 遗传图谱
      发布时间： 2016 - 10 - 27
      基于全基因组重测序或简化测序技术对已有参考基因组序列的物种进行个体或群体的进行测序，利用高性能计算平台和生物信息学方法，检测单核苷酸多态性位点（SNP），并计算多态性标记间的遗传连锁距离，绘制高密度的遗传图谱。通过与表型性状进行关联分析，利用获得的强关联性标记进行下游基因的精细定位，从而进行遗传进化分析及重要性状候选基因预测，对该物种的分子育种研究具有重大的指导意义。
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    • 全基因组关联分析
      发布时间： 2016 - 10 - 28
      对某一物种群体进行全基因组重测序或简化基因组测序，检测分布于全基因组范围内的SNP标记，基于它们与分析性状 的连锁不平衡关系，通过各种统计分析方法，获得与这些性状关联的候选基因或基因组区域。
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  • 蛋白组学
    • 标记定量蛋白质组(iTRAQ和TMT)
      发布时间： 2016 - 11 - 04
      iTRAQ是一组能标记多肽N末端和赖氨酸侧链氨基的同位素试剂。在二级质谱前，每种iTRAQ标记的同一蛋白质表现为相同的理化性质和质荷比，保证了样本间的实验均一性。 而在二级质谱中，不同样本来源的信号离子表现为不同质荷比(113-119，121)的峰，因此可以根据波峰的高度及面积，分析出不同处理的蛋白定量信息。
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  • 建库服务
    • 建库测序服务
      发布时间： 2016 - 10 - 30
      建库测序是运用illumina测序平台对客户提供的合格文库直接进行测序，或者对客户提供的合格样品进行建库并测序，产出高质量的测序数据提供给客户进行生物信息学分析。生物信息学分析平台的构建，对分子生物信息数据能够快速获取；满足各种生物信息学分析所需的大规模计算能力；从互联网快速接入服务器并进行生物信息学分析。提供了集软件、硬件、数据库于一体的强大的生物信息分析平台。
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  • 课题设计
  • 案例分享
    • 热烈祝贺我司荣获2018年“国家高新技术企业”称号
      发布时间： 2019 - 02 - 26
      热烈祝贺我司荣获2018年“国家高新技术企业”称号我公司获得由国家科学技术部拟定，省科技厅、财政委、国税局、地税局实施评定的国家高新技术企业，2019年1月，杨凌区科技局参观我公司，颁布2018年“国家高新技术企业”证书。并对我公司在杨凌区的后续发展进行了深度的交谈。此次认定有效期3年，公司将享受减按15%的税率征收企业所得税，为进一步提升企业市场竞争力、科研创新、转型升级、品牌建设增添了新动力。近年来，博瑞德生物科技始终坚持科技研发服务于项目生产，为科研创效的理念。此次申报材料要求非常严格、详细、内容繁多，在公司领导决策、协调及相关部门的配合下，分别对公司近三年的技术研发材料进行收集、归类、整理，申报，并顺利通过审评、公示等程序，最终获得了国家级高新技术企业评定。本次被评定为国家高新技术企业，必将进一步推动公司自主创新、自主研发的进程，同时也是公司发展史上的又一个里程碑。今后，博瑞德生物科技将继续引入高素质的人才团队，为自主创新提供根本保证；更加注重自主创新、保护知识产权，提升企业核心竟争力；继续加大科研投入，充实企业创新发展后劲；进一步加强公司技术创新能力以及科技成果转化能力，为企业持续、健康、快速发展提供强有力的技术支撑，力争成为引领行业的中坚力量。
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    • 祝贺我司成功获批10项计算机软件著作权和科技型中小企业
      发布时间： 2018 - 04 - 10
      祝贺我司成功获批10项计算机软件著作权和科技型中小企业恭贺我司2018年成功申请10项计算机软件著作权，同时获批科技型中小企业资质，这一举措是国家对我司技术开发、技术服务、技术咨询和高新产品研发的肯定，同时也将以创新为使命的重担交由我司，并寄予厚望。也为我司打下了扎实的知识产权基础，为进一步提高公司高新技术产品的科学研究、研制、生产、销售，以科技成果商品化提供方便。
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    • 大咖对于国家社科基金申请的建议
      发布时间： 2018 - 02 - 12
      大咖对于国家社科基金申请的建议本文整理了上海大学终身教授，博士生导师戴世强老师的《基金申请笔谈》，以飨读者。我评审基金申请书已有20余年。早些时候，基金委各学部每年大约让我评审15～35份申请书，近年来随着年齿渐长，基金委比较照顾我，每年评审的份数在10份以内。目前，大量申请书的评阅任务由1958～1965年出生的中青年专家在评审，我曾问过我的一些忘年交，他们每年的评审工作量平均约为20份。评审人会掌握一定的分寸，不会给所有申请书打“A”，也不会全给“C”，各自会事先掌握一定的打分比例。因此，先被评审人披阅的申请书通常会占得先机。例如，我一般把ABC等级的比例定位2：1：2，A级指标通常先用完，因此，后看的申请书多少有点“吃亏”（当然先看形式漂亮的，总体上严格按要求评阅，最后会按申请书内容的相对优劣调整打分等级）。一般说来，如果申请书写得赏心悦目，夺人眼球，总会争得好一点的“印象分”，在同一水平的申请竞争中胜出。那么，如何做到形式清新、引人入胜呢？请各位注意如下细节：1．字体恰当忌用蝇头小字，建议通篇用小四号字（除摘要等不可改变之处）；最好用楷体或仿宋体，以做到有别于表格原有的宋体；重点内容可加粗、划底线，用其它颜色；2．适当分点充分利用小标题，尽可能分点描述（但也不宜层层列点）；忌用过长的自然段（通篇用很长的自然段阅读时会引起视觉疲劳），每段最好不超过六行；3．图文并茂适当运用框图和插图，特别是在叙述研究方案和技术路线时，用流程图是一种可取的方式；描述研究背景和已有成果时可用合适的照片、图表、曲线；4．文字简明尽可能做到叙述通顺，简明生动，恰如其分；深入浅出，用浅显的语言阐释深奥的原理，忌用过多的生僻术语；少用缩略语，必须用缩略语时，在首次出现处标出英文全称和译文；忌用欧式语言；切忌罗嗦重复或词不达意；遣词用句不求华丽花哨，但应使人读来有兴味；5．言之有物用事实和数据说话...
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    • Pubmed 恢复更新，说好的假期呢
      发布时间： 2018 - 01 - 25
      Pubmed恢复更新，说好的假期呢前两天铺天盖地的PubMed停更消息刷屏，还以为贴心的 PubMed 懂得我们要过年。今日一句「PubMed is open」、「Information will be updated to the extent possible」，剧情瞬息万变！有人欢喜有人愁！为了自科标书的最后攻坚，回家的车票，还是退了吧！从大众的反应，比如：「我们要找马云爸爸筹资买下PubMed」、「标书的查新终于可以歇歇了」、「要提前放假喽」，可以看出PubMed真是把不可或缺的神器，宅实验室溜动物房、做科研写标书必备！什么？你还不会用它追踪最新文献？Are you kidding me？说好的迎娶女博士、当上实验室总管、出任PI、走上科研巅峰呢？没关系，小编就再原谅你一次。一起来吧！1. pubmed注册还是那个熟悉的网址，没关门大吉。2. 谷歌邮箱注册账号时，对于我们来说，在可以选择的项目中，面对诸多陌生选项，肯定优选谷歌邮箱注册。至于如何获取或注册谷歌邮箱，可自行浏览器检索，或找某宝。3. Advanced注册成功登陆后，回到主界面，选择高级检索。4. 主题词搭配关注什么领域呢？这几日比较火的是《JAMA》发表的大型研究：避孕药可大大降低女性的癌症发病率！我们就简单以避孕为例，在高级检索中输入contraceptive OR contraception，两个词均用【Title/Abstract】限定。只是关注「避孕」领域的话，简单使用这两个词检索足矣。想要特全面的话，使用 Mesh 主题词检索，再用专业词典，查找出更多同义、相关词语，化学名，缩写，别名等，千万别客气！最后合并一大串词语，得到最全面的检索结果。5. 创建提醒得到检索结果后，选中检索框下方的「Create alert」，一起去创建提醒词条。6. 人性化设置① 填写名称，日后收到邮件提醒时，会包含此...
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    • 陕西省杂交油菜研究中心生科支部举行深入贯彻十九大精神专题座谈会
      发布时间： 2018 - 01 - 22
      陕西省杂交油菜研究中心生科支部举行深入贯彻十九大精神专题座谈会2018年1月17日，中心生科支部举行“拥抱新时代，共担新使命”专题座谈会，旨在结合岗位工作深入贯彻党的十九大精神、利用最新生物科技成果和新方法新策略全面促进油菜科研再上新台阶，继续加强与生物科技型企业的合作交流，实现优势互补、共赢发展。特邀中心党委书记、主任穆建新同志出席，党委副书记李有利同志以普通党员身份参加，生科支部所属研究室科研人员列席，陕西博瑞德生物科技有限公司总经理王荣凯及各部门负责人参加。座谈会由支部书记王灏同志主持。 会上，穆建新同志从十九大精神的贯彻落实、油菜产业发展的国家需求、本单位追赶超越的目标定位等方面谈了自己的体会和希望，指出单位目前工作的重点、着力点和努力的方向，强调要在十九大精神的指引下，加强应用研究和应用基础研究，加强产学研用深度融合，加强分子育种共性技术研发和创新集成，加强和科研院所、科技公司的合作交流，要在基因挖掘、基因数据库构建、功能基因解析、性状关联与生物信息学分析等研究方向着力，重点开展种质创新和育种技术创新。同时肯定了博瑞德公司入驻合作一年来，在油菜重要功能基因挖掘、分子标记开发、分子设计育种信息平台建设方面所做的工作，希望双方继续以高通量测序技术为基础，围绕油菜、大豆、小麦等作物，以生物信息学相关研究为重点，在基因组、转录组等水平合作开展比较基因组、进化基因组、重要农艺性状功能基因定位、分子育种、基因表达调控等方面深化研究，加快本单位育种科研由常规育种向分子育种的转变，保持自身优势，追赶国际先进水平。 王荣凯总经理表示，感谢油菜中心提供了良好的合作平台，表示十分看好中心油菜科研综合实力与广阔发展前景，希望进一步开展多层次多形式多领域的合作，优化资源配置，实现共赢发展。 参会同志积极发言，结合各自业务工作实际，讨论交流双方合作解决相关问题的...
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    • 福利，如何看懂Blast结果图
      发布时间： 2018 - 01 - 19
      福利，如何看懂Blast结果图众所周知，同源性是预测基因和蛋白质功能的主要线索，而序列同源性的判断则离不开两个或多个序列之间相似性的检测。一般来说，序列间的相似度越高，它们是同源序列的可能性就越高。其中，序列比对无疑是评估序列相似性的最简单方法。显然，Blast就是序列比对检测的中坚力量。Blast自1990年首次亮相以来，凭借从各大数据库（EST、PDB数据库等）获取信息的能力，迅速成为序列比对界的领头羊。 老实说，Blast的界面非常友好，点击相应模块后，大家只需在序列框中丢上自己的靶序列，勾选好物种基因组，点击搜索即可！ 可看着结果界面涌现出的几十个、数百个甚至数千个候选匹配序列，不少选择困难症的童鞋表示头疼不已：结果辣么多，究竟哪个才是最优解？本文以NM_001206932为例，分解BLAST结果页面，让大家迅速摆脱Blast新手身份。Blast结果解析：首先会看到一个表头，即本次比对的基本信息，如比对类型、序列长度、所选的数据库等等。如果所选的数据库不合适，请及时迷途知返哦。 接下来就是Blast的结果显示图（Graphic Summary）：颜色比例尺，其中相似度从高到低排列分别为：红、紫、绿、蓝、黑，红色区域越多则表示有较好的比对结果。 而在Blast结果的描述区域，两个衡量标准最为重要：Max Score和E值（E value），前者匹配片段越长，相似性越高则Score值越大；后者是得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值的可能性越低。而点击相应注释名称，又或者在结果显示图（Graphic Summary）中点击对应的线条，均可以查看比对结果的详细信息。其中，Expect(E值)、Identities（一致性）、Gaps（缺失或插入）三项是评价blast结果的标准。E值接近零或者为零时...
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    • 统计学软件SPSS中的“套路”
      发布时间： 2018 - 01 - 11
      统计学软件SPSS中的“套路”首先，要科普一下基本知识：自变量（Independent variable）：自变量是指研究者主动操纵，而引起因变量发生变化的因素或条件，因此自变量被看作是因变量的原因。因变量（Dependent variable）：实验中由于自变量而引起实验对象的变化和结果叫做因变量。计数资料：指先将观察单位按其性质或类别分组，然后清点各组观察单位个数所得的资料。其特点是：对每组观察单位只研究其数量的多少，而不具体考虑某指标的质量特征，属非连续性资料。计量资料：指先将观察单位按其性质或类别分组，然后清点各组观察单位个数所得的资料。其特点是：对每组观察单位只研究其数量的多少，而不具体考虑某指标的质量特征，属非连续性资料。我们观察或者测量因变量得到的数据集合就是统计资料，医学统计资料按其性质一般分为计数资料与计量资料两类。为什么要分成两种资料呢？因为不同类型的统计资料应采用不同的统计分析方法。为什么不同资料要用不同的统计学分析方法呢？因为统计分析方法相当于一个比较两个东西之间差异（或差距）的平台。上个图大家就明白了，不同资料选择不同分析方法。 接下来我就教大家具体怎样选择统计分析方法： 知道了自己的实验分组就好办了。接下来的三张图就教大家怎样按图索骥，选择适合的统计分析方法来分析自己的数据有没有统计学意义了。注：线性回归需满足LINE条件L（Linear）：因变量与自变量呈线性关系；I（Independent）：每个个体观察值之间互相独立；N（Normal distribution）：在一定范围内，任意给定X值，对应的随机变量Y都服从正态分布；E（Equal variance）：在一定范围内，不同的X值所对应的随机变量Y的方差相等；注：两组之间比较是最常见的，一个处理组，一个对照组，自变量经处理因素处理之后产生因变量，然后统计因变量数据，再根...
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    • 研究解析植物维持生长和应激应答平衡的关键机制
      发布时间： 2018 - 01 - 04
      研究解析植物维持生长和应激应答平衡的关键机制中国科学院上海生命科学研究院上海植物逆境生物学研究中心朱健康、熊延研究组的研究成果，以Reciprocal Regulation of the TOR Kinase and ABA Receptor Balances Plant Growth and Stress Response为题，在线发表在Molecular Cell上。该研究揭示了植物雷帕霉素靶蛋白（Target of Rapamycin，TOR）激酶和脱落酸（Abscisic Acid，ABA）受体偶联的信号途径间通过相互磷酸化修饰，介导植物生长发育和胁迫应答的平衡。 植物作为无法自由移动的固着生物，必须对环境的变化产生合理的适应。环境的变化会触发植物产生不同应答，其中就包括生长的抑制，之前研究已经证明该过程受到植物激素脱落酸的介导，但能够将植物应激应答反应和生长联系在一起的分子机制还没有得到很好的了解。基于定量磷酸化蛋白组学分析，研究发现ABA受体PYR1/PYLs蛋白存在一个保守的磷酸化位点，ABA抑制这一位点的磷酸化。外源ABA处理后，PYL蛋白中这一位点的磷酸化消失。通过点突变模拟这一位点的磷酸化发现磷酸化的PYL蛋白不能结合ABA，也不能抑制PP2C的活性，失去感受和传递ABA信号的功能。非磷酸化形式的的PYL转基因植物的恢复生长（Recovery Growth）与野生型相比明显延迟。研究进一步发现，TOR能特异地磷酸化PYL蛋白这一位点。已知TOR蛋白高等生物中非常保守，控制细胞能量代谢、细胞生长和发育过程的关键因子。tor突变体以及TOR复合体组分突变体raptor等对ABA敏感，并在正常条件下表现出生长抑制、SnRK2活性增加、胁迫应答基因表达等胁迫类似表型。同时，TOR复合体中的调节组分RaptorB是ABA受体下游核心蛋白激酶SnRK2的底...
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    • DNA测序的那些事儿
      发布时间： 2017 - 12 - 29
      DNA测序的那些事儿基因测序是一个新兴行业，处于快速发展阶段。全球基因测序行业的市场规模巨大。从1990年人类基因组计划（HGP）正式启动以来，基因测序应用的壮阔前景开始展现在人类面前。2006 年第二代测序仪诞生，成本下降百倍，形成“超摩尔定律”之势。随着测序成本的显着降低和生物信息分析能力的显着上升，美国等西方发达国家已在这一领域做出前瞻式布局：鼓励高端测序仪的研发和商业化、建立配套的生物信息计算平台、推进基因组领域的科学研发和临床转化。一、      测序技术的发展历程第一代测序技术，即Sanger测序技术：1977年，被后人誉为“基因组学之父”的英国生物化学家弗雷德里克-桑格发明了酶测序法（桑格测序法），正式奠定了测序技术的理论基础，在此9年后，ABI公司基于桑格测序法推出了世界上第一台商用测序仪，自此测序技术进入飞速发展的时代；第二代测序技术是当今主流技术，主要有Illumina公司的Solexa和HiSeq技术，Life Technologies的Solid技术和罗氏的454 技术；第三代测序技术是近几年研发出的单分子测序技术，主要包括Helicos公司的真正单分子测序技术（truesingle-moleculesequencing，tSMSTM）、牛津纳米孔技术公司（Oxford Nanopore Technologies，以下称牛津纳米孔公司）的单分子纳米孔测序技术（single-molecule nanopore DNA sequencing）、太平洋生物科学公司（Pacific Biosciences）的单分子实时测序技术（single molecule real-time sequencing，SMRT）等。 图1.基因测序发展历史这三代测序技术各有优缺点（见表1），应用的领域也不尽相同，因此...
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    • 2017年CRISPR创造出了哪些奇迹？
      发布时间： 2017 - 12 - 21
      宝“剪”锋从磨砺出！CRISPR的问世确实带来了基因编辑的黄金时代，编辑人类胚胎、闯入临床研究、“霸屏”CNS，每一项都足以振奋人心。而2017年CRISPR似乎更具魔力，它以前所未有的精度，可对各种生物体的DNA做出微调。如今，年终盘点季，带领大家一起回顾一下“魔剪”CRISPR技术在过去一年的“丰功伟绩”。CRISPR的新玩法——微调DNA1.不切DNA，照样也能治疾病美国沙克生物研究所的研究者开发出一种新型CRISPR-Cas9系统，能在不切开DNA的前提下，对基因进行激活。他们将Cas9酶表达基因插入一个腺相关病毒（AAVs）的同时，利用另一个AAV引入短sgRNA和转录激活剂。sgRNA只有14或15个核苷酸，可阻止Cas9切割DNA，并促使其与转录激活剂协同作用。值得一提的是，该系统在多种疾病小鼠模型中实现了“疾病逆转”，如急性肾脏疾病小鼠模型、1型糖尿病小鼠模型和肌肉萎缩症小鼠模型。这也证实了新CRISPR技术是安全的，不会产生不想要的基因突变。参考文献：In Vivo Target Gene Activation via CRISPR/Cas9-Mediated Trans-epigenetic Modulation (DOI:10.1016/j.cell.2017.10.025)2.自由替换DNA碱基，精准打靶2016年，哈佛研究者成功利用CRISPR技术将DNA的C转化为U，即实现了C•G碱基对向T•A碱基对的转换。而今年同一个研究团队再次开发出了“新碱基编辑器”ABE（Adenine Base Editor）实现了C•G向T•A的转换。简单来说，就是一种改造后的TadA酶，将靶DNA链中的腺嘌呤（A）转换为肌苷（I，I可起到类似鸟嘌呤G的作用），然后“诱骗”细胞修复另一条DNA链以完成碱基对的转换。研究者利用该技术成功逆转了与遗传学血色病相关的G-to...
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    • 你还在为设计qPCR引物和选择内参基因发愁吗？
      发布时间： 2017 - 12 - 18
      qPCR是已经是现代分子生物学研究不可缺少的研究手段之一，但是实验中，人工设计的引物，耗时多且难保证特异性和扩增效率一致性。西南大学农学与生物科技学院等单位题为“qPrimerDB: A thermodynamics-based gene-specific qPCR primer database for 147 organisms”研究论文，构建了qPCR引物数据库qPrimerDB（http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb），该数据库共收录了包括66种重要植物（拟南芥、水稻、玉米、大豆、油菜和马铃薯等）等在内的147个物种共3331426个基因的51091785对qPCR引物。该研究团队设计了基于热动力学的基因特异qPCR引物设计流程，并对人、小鼠、家蚕、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、水稻、玉米和油菜等共147个已完成全基因组测序物种的全基因组qPCR引物设计和验证分析，这147个物种包含80种动物（37种哺乳动物、17种昆虫、10种鱼类、4种鸟类和12种其他动物）、1种真菌（酵母）和66种植物（39种双子叶植物、18种单子叶植物和9种其他植物）。并构建了相应的数据库qPrimerDB，收录了147个物种共3331426个基因的51091785对qPCR引物。作为一个负责的科研人员，是不是瞬间心情通畅了很多呢？但是，做qPCR好像还缺少点什么？是的，内参的选择直接关系到结果的准确性和精确性，因此在筛选出合理的内参基因是有效地应用实时定量PCR技术的先决条件。北京基因组所生命与健康大数据中心题为“ICG: a wiki-driven knowledgebase of internal control genes for RT-qPCR normalization”研究论文在线发表于Nucleic Acids Research。开发了国际上首个实时定...
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    • 高通量测序结果全方位验证策略
      发布时间： 2017 - 12 - 13
      二代测序结果已出，差异基因一目了然，但是如何通过实验的方法对数据进一步验证是很多老师们手足无措的事情，今天，就为大家介绍下常用的二代测序验证方法。1 定性定量实验方案1.1实时荧光定量qPCR检测实时荧光定量PCR(Real-time Quantitative PCR Detecting System，qPCR)作为最常见的二代测序验证方法，广泛应用于二代测序结果的定性定量研究。转录组测序基于生物信息分析计算出的多基因表达量会存在一定误差，而qPCR可检测特定基因的表达丰度，特异性更高。1.2 Northern-blot首先通过电泳的方法将不同的RNA分子依据其分子量大小加以区分，然后通过与特定基因互补配对的探针杂交来检测目的片段。步骤如下： 2 功能验证实验方案2.1构建过表达株系DNA片段被转入特定生物中，与其本身的基因组进行重组，再从重组体中进行数代的人工选育，从而获得具有稳定表现特定的遗传性状的个体。步骤如下：2.2小干扰RNA(siRNA)株系siRNA可经过多种不同转染(transfection)技术导入细胞内，并对特定基因产生具专一性的敲降(knockdown)效果。步骤如下： 温馨服务：我公司以上实验均具备成熟标准化体系，可提供高效优质的实验服务，有需要的老师请联系我们！
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    • qPCR实验者的福利——全套计算神器给你！
      发布时间： 2017 - 12 - 07
      qPCR的英文全名是Real-time Quantitative PCR Detecting System。即实时荧光定量核酸扩增检测系统，也叫实时定量基因扩增荧光检测系统，简称qPCR。广泛用于特异性核酸的检测。qPCR通常在标准的96孔板上进行，现在实验室里的96孔板就像移液器和烧杯那样常见。 qPCR的基本步骤NCBI里的数据，为引物设计和功能分析带来了方便，但是这些数据都是理论上的，实际实验操作还要经过各种的计算。不比担心，有心人已经把qPCR实验中所用到的各种工具都“打包”了，比如Biosearch(http://www.qpcrdesign.com/oligo-toolbox)这个网站里，就有一个成套的qPCR工具箱Oligo Toolbox，其中包含的工具能做很多实验计算工作。OligoSpec™ CalculatorOligoSpec™ Calculator可以确定引物或探针的特定物理性质，比如可能拥有的5'，3'或内部修饰，甚至还有荧光团、黑洞淬灭基团标记、生物素标签或修饰碱基。如果科研人员知道序列但是不知道分子量（MW），这个计算器也能派上用场，它还能把单位从“克”换算成“摩尔”。此外，该工具还提供了260 nm处寡聚物的消光系数，可与浓度计算器一起定量浓度。 qPCR Reaction Estimator这个qPCR反应估计器可以用于计算小瓶引物或探针实际上会持续多长时间。当然……是理论上，也可以来预估引物的数量。输入一些关于反应条件的基本信息，以找出寡核苷酸可能执行的反应次数。不过一些液体会因为移液而丢失，所以实际的反应次数会少于预估值。 Oligo Resuspension Calculator这个有用的小工具能用来计算水或TE缓冲液的确切体积来重悬浮新加入的寡核苷酸。一些寡核苷酸厂家提供的说明书里只会...
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    • 新推出甘蓝遗传转化体系
      发布时间： 2017 - 11 - 28
      结球甘蓝(Brassica oleracea Linnaeus var. capitata Linnaeus)简称甘蓝，是十字花科芸薹属的一种重要蔬菜，是世界上最广泛种植的蔬菜作物之一，在我国栽培面积现已达到了每年约90万hm2。作为十分重要的经济作物，甘蓝的研究必不可少。但是，目前甘蓝的研究大多集中在大田实验，主要研究不同种类肥料对甘蓝的品质影响，从分子水平研究甘蓝的生长发育及特性的报道还很少。我公司根据植物细胞能再生成植株的全能性，取下胚轴作为外植体，采用农杆菌侵染法，通过组织培养获得完整植株。在培养过程中为了筛选阳性转基因植物采用植物敏感的抗生素进行筛选，最后经过分子生物学和生理方面的检测鉴定抗性生根的植株是真正的转基因植物。这表明我公司创建了甘蓝的遗传转化体系，为有需要研究甘蓝分子机制的老师和同学提供了便捷的获得转基因植株的途径，进而为推进甘蓝的研究做出贡献。有需要甘蓝转基因的老师和同学快快行动起来吧！！！
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  • 进展和动态
  • 科研平台
    • 实验平台
      发布时间： 2016 - 10 - 26
      一流分子生物学实验室博瑞德生物科技引进多名国内外知名高校博硕士专业人才，组建了一支分子生物学、遗传学、病理学及生物信息等多学科背景的专业团队。这些完备的测序平台和分子生物学实验平台，可以提供上游测序服务和下游基因功能验证服务，实现上下游实验无缝衔接。专业实验人员实验团队由专业的实验研究人员组成，严格遵循ISO15189质量体系的要求建设，经过大量项目积累，公司形成了严格的标准实验操作流程。
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    • 测序平台
      发布时间： 2016 - 10 - 27
      Illumina测序仪原理Illumina新一代测序技术可以高通量、并行对核酸片段进行深度测序，测序的技术原理是采用可逆性末端边合成边测序反应，首先在DNA片段两端加上序列已知的通用接头构建文库，文库加载到测序芯片Flowcell上，文库两端的已知序列与Flowcell基底上的Oligo序列互补，每条文库片段都经过桥式PCR扩增形成一个簇，测序时采用边合成边测序反应，即在碱基延伸过程中，每个循环反应只能延伸一个正确互补的碱基，根据四种不同的荧光信号确认碱基种类，保证最终的核酸序列质量，经过多个循环后，完整读取核酸序列。       利用该技术，可以对任何物种（包括动物、植物、细菌、病毒、寄生虫等）在DNA水平上进行全基因组测序、基因组靶向区域测序，检测基因组范围内的遗传变异或多态性，在细菌、病毒等病原溯源上分辨率最高；在RNA水平上进行基因的表达测序分析，准确检测基因表达量和表达片段的序列信息；对DNA处理后，可以对基因组甲基化水平进行检测，从表观遗传学角度对影响基因表达的因素进行分析；利用转录因子的抗体对DNA进行处理，寻找转录因子影响的DNA序列信息，定位影响基因表达的片段；自然界存在的微生物基本上都是混合物，传统的Sanger法测序技术无法对混合物中的各微生物进行准确检测，利用新一代测序的高通量、并行性特点，通过宏基因组分析方法，可以从整体上对自然界本来状态进行分析，得到最客观信息。 Hiseq 2500系统HiSeq 2500系统是Illumina第一台特有两种运行模式的测序系统，包括快速和高通量两种模式，可使用一个或两个flowcells，具有很强的灵活和可扩展性。使用HiSeq v2试剂进行快速运行模式，可将读长提高到2x250 bp，快速模式提供更加快速的结果、数量有限样品的高效处理，以及更长的末端配对读取，这...
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    • 信息平台
      发布时间： 2016 - 10 - 27
      超大计算集群
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    • 关于2017年度国家自然科学基金项目申请与结题等有关事项的通告
      发布时间： 2017 - 01 - 05
      关于2017年度国家自然科学基金项目申请与结题等有关事项的通告国科金发计〔2016〕89号　　为做好2017年度国家自然科学基金项目（以下简称项目）申请和2016年应结题项目结题等工作，现将有关事项通告如下：　　一、项目申请　　（一）项目申请接收。　　1.国家自然科学基金委员会（以下简称自然科学基金委）2017年度项目申请集中接收工作自2017年3月1日开始，3月20日16时截止（3月18-19日办公，其他法定节假日不办公）。　　2.2017年度集中接收申请的项目类型包括：面上项目、重点项目、重大项目、重大研究计划项目、青年科学基金项目、优秀青年科学基金项目、国家杰出青年科学基金项目、创新研究群体项目、地区科学基金项目、海外及港澳学者合作研究基金项目、部分联合基金项目、国家重大科研仪器研制项目（自由申请）、数学天元青年基金项目、重点国际（地区）合作研究项目和外国青年学者研究基金项目等。　　3.不在集中接收申请范围的部分项目类型，项目指南将另行公布。对于随时受理申请的国际（地区）合作交流等项目，申请人应避开集中接收期提交申请。　　（二）申请书撰写方式。　　各类型项目《国家自然科学基金申请书》（以下简称申请书）一律采用在线方式撰写。　　（三）申请人事项。　　1.申请人应认真阅读《国家自然科学基金条例》（以下简称《条例》）、《国家自然科学基金资助项目资金管理办法》（以下简称《资金管理办法》）、《2017年度国家自然科学基金项目指南》（以下简称《指南》）和相关类型项目管理办法，于2017年1月15日后登录科学基金网络信息系统（以下简称信息系统；没有系统账号的申请人请向依托单位基金管理联系人申请开户），按照各类型项目的撰写提纲及相关要求撰写申请书。　　2.申请人应根据《资金管理办法》的有关规定，以及《国家自然科学基金项目资金预算表编制说明》的具体要求，按照“目标相关性、政策相符性、经...
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  • 市场与活动
    • 祝贺我司成功获批10项计算机软件著作权和科技型中小企业
      发布时间： 2018 - 04 - 10
      恭贺我司2018年成功申请10项计算机软件著作权，同时获批科技型中小企业资质，这一举措是国家对我司技术开发、技术服务、技术咨询和高新产品研发的肯定，同时也将以创新为使命的重担交由我司，并寄予厚望。也为我司打下了扎实的知识产权基础，为进一步提高公司高新技术产品的科学研究、研制、生产、销售，以科技成果商品化提供方便。
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    • 热烈祝贺我司荣获2018年“国家高新技术企业”称号
      发布时间： 2019 - 02 - 26
      热烈祝贺我司荣获2018年“国家高新技术企业”称号我公司获得由国家科学技术部拟定，省科技厅、财政委、国税局、地税局实施评定的国家高新技术企业，2019年1月，杨凌区科技局参观我公司，颁布2018年“国家高新技术企业”证书。并对我公司在杨凌区的后续发展进行了深度的交谈。此次认定有效期3年，公司将享受减按15%的税率征收企业所得税，为进一步提升企业市场竞争力、科研创新、转型升级、品牌建设增添了新动力。近年来，博瑞德生物科技始终坚持科技研发服务于项目生产，为科研创效的理念。此次申报材料要求非常严格、详细、内容繁多，在公司领导决策、协调及相关部门的配合下，分别对公司近三年的技术研发材料进行收集、归类、整理，申报，并顺利通过审评、公示等程序，最终获得了国家级高新技术企业评定。本次被评定为国家高新技术企业，必将进一步推动公司自主创新、自主研发的进程，同时也是公司发展史上的又一个里程碑。今后，博瑞德生物科技将继续引入高素质的人才团队，为自主创新提供根本保证；更加注重自主创新、保护知识产权，提升企业核心竟争力；继续加大科研投入，充实企业创新发展后劲；进一步加强公司技术创新能力以及科技成果转化能力，为企业持续、健康、快速发展提供强有力的技术支撑，力争成为引领行业的中坚力量。
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  • 师资队伍
    • 荣誉高级教师--（ADAWONG）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国，英国，加拿大，澳洲，新西兰）·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证知名师范院校外语系师范专业毕业，毕业以来就一直从事小学、初中的教学和研究工作，6年的任教经验，特别是一年国际学校任教的经历，让我对中、外的小学生的语言学习有了更多的认识；在我的课堂中，学生的兴趣始终是我关注的出发点； 另外，语言不仅是一门语言，同时也是一种文化；更难得是的思维习惯的养成；我喜欢活跃互动的课堂形式，有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性，同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键，各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径！
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    • 荣誉高级教师--（LINDA）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国，英国，加拿大，澳洲，新西兰）·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        Hello，我是LINDA，毕业于广州著名学府的英语教育专业，擅长地道的口语教学，多年的口语教学经验告诉我，口语学习必须要大胆开口说，英语是一种语言，重要的是懂得如何交流和沟通。流利的口语更可以提高语感，有助于更容易学习英语。我喜欢活跃互动的课堂形式，有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性，帮助你找到适合自己的英语学习方法、掌握解题的关键，独特而有个性的教学风格是我的课堂。
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    • 荣誉高级教师--（Sammi）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国，英国，加拿大，澳洲，新西兰）·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证最受学生欢迎的英语女神。 教学成绩：2013年获评明师教育最受学生喜爱女教师金奖； 2014年班均人数、带班量居英语科头名，并创下英语科目班均人数最多纪录； 曾参加高考口语，一模口语评卷工作，英语口语界权威代表。 教学特点：10年丰富的教学经验，执教高三保证班超过6年。自创语法填空（Grammar）稳夺8空技巧，小作文首句法，20分钟高分大作文速成法，助你挑战速度极限。2013年以来Sammi所带的班期期爆棚，人数居高不下，被学生奉为英语女神。
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    • 荣誉高级导师--（Pow）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国，英国，加拿大，澳洲，新西兰）·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        拥有全国认可的英语专业最高等级证书---TEM-8,极具英语权威。刻苦钻研Task-based Language Teaching(TBLT)教学法，熟练掌握Reading, Speaking, Listening, Writing课堂教学技能，在教坛凭借新颖教学方法，获得家长和学生一致好评，获得“最佳教师奖”。 “3P”魅力(Professional, Passionate, Patient)专业+热情+耐心=100% 魅力 Rachel执教的英语课堂生动有趣
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    • 荣誉高级导师--（Sarah）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国，英国，加拿大，澳洲，新西兰）·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证经验丰富·考点明确：Sarah具有丰富的教学经验，长期担任明师初中英语教材组成员，负责各大名校试卷分析工作，熟知初中各年级英语考点，提炼各类“易错题”、“高频题”;善于归纳解题方法和构建、整理知识结构体系;同时擅长针对考试题型演示解题方法，炮制最适合学生的“抢分秘笈”。 幽默课堂·轻松学习：Sarah以独特的“栋笃笑”风格，打造具有个人特色的幽默课堂，为学生们提供轻松、愉悦的学习环境。对于初中英语较难的知识点，Sarah善于以生动有趣的例子诠释，加速学生的理解及记忆。
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    • 荣誉高级教师--（DANDY）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国，英国，加拿大，澳洲，新西兰）·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        课堂的知识引领者，课后的指导人气王。7年教龄，目前教有学生162人，为人亲切带点小幽默，喜欢和小朋友探讨问题。有着一套特别的独家口诀教学方法，急速解决音标和词语记忆。使命必达：课堂学习口诀朗朗出，氛围轻松又愉快，逻辑解题好深入，民校难题不攻自破，英语知识吸收so easy；了解学生长与短，取长补短步步来，让你手拿快速抢分神器，提高分数快狠稳。让学生中做到：自己的学习自己做主。有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性，同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键，各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径！
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    • 荣誉高级导师--（Peter）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国，英国，加拿大，澳洲，新西兰）·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        课堂的知识引领者，课后的指导人气王。数学界的歼10，辅导界的F1，专业上因其厚积而知矢发，教学上因其不羁而易发散，长期致力于高考教学及研究，近年更是连续在最后时刻神奇命中多道高考大题。课堂上善于举一反三，有序引导，因而江湖人称“变长期担任教材主编，试卷创作等工作，能准确把握中考物理难点重点，善于进行方法的归纳和知识体系的构建。有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性，同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键，各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径！
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    • 荣誉高级教师--（MAY）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·有教学经验及商务背景·有国际认可教师资格证课堂的知识引领者，课后的指导人气王，从来是标榜自信的个体，对处理语文题目有独特的角度和方法，所有复杂的题目经由他巧妙的梳理，都会变得简单明了，答案一针见血;天生体贴又温和，喜欢用快乐的大手，把身旁的学生捧在云端之上;连续多年担任保证班和毕业班的工作，对应考辅导有非常丰富的的经验。有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性，同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键，各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径！
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    • 荣誉高级导师--（Jack）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国，英国，加拿大，澳洲，新西兰）·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        6年的任教经验，特别是一年国际学校任教的经历，让我对中、外的小学生的语言学习有了更多的认识；在我的课堂中，学生的兴趣始终是我关注的出发点； 另外，语言不仅是一门语言，同时也是一种文化；更难得是的思维习惯的养成；我喜欢活跃互动的课堂形式，有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性，同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键，各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径！
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    • 荣誉高级导师--（Quaker）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国，英国，加拿大，澳洲，新西兰）·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证所有复杂的题目经由他巧妙的梳理，都会变得简单明了，答案一针见血;天生体贴又温和，喜欢用快乐的大手，把身旁的学生捧在云端之上;连续多年担任保证班和毕业班的工作，对应考辅导有非常丰富的的经验。对教学有自己独到见解，善于将枯燥抽象的知识生动化，让学生的成绩在轻松的氛围中得到提高，在平时的教学过程中，根据学生不同的成绩水平，帮助其找出问题，从而提高成绩。乐观开朗的性格很容易就成为了学生的良师益友。
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    • 荣誉高级导师--（Helen）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国，英国，加拿大，澳洲，新西兰）·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证“星级导师”优秀老师，连续多年任教保证班，一直兼教多种不同的课型，熟悉各个年级的考点、重点，更能分级教学，做到因人施教，有丰富的教学经验。参与编写保证班教材，并多次进行教材指导会议，编写的教材多次命中名校试题。 “生活课堂”：引用“六大板图”将作文素材一网打尽，剔除素材苦恼，让你做到“一材多用”、“多材一意”。擅于将学生身边的示例、网络信息、时事引进课堂，让学习技巧变得通俗易记。课堂注重与学生交流对话，做到真正地读懂学生，不断追求更好的教学方法，达到提分的效果。我喜欢活跃互动的课堂形式，有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性，同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键，各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径！
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    • 荣誉高级教师--（Gaga）
      发布时间： 2014 - 10 - 28
      ·本科及本科以上学历·英语为母语(来自美国，英国，加拿大，澳洲，新西兰）·有教学经验及商务背景·外籍专家证 Foreign Expert Certificate·有国际认可教师资格证        “接受最严格、最权威、最正统的师范训练。 教学横跨6个年级，对初高中考点了如指掌。 出色的教学得到认同，曾任中四日校科长，现任学科长、皇牌数学老师，带领教师团队，提供更优质课程。 以解题技巧著称，独创蛊惑解题方法，观察题目结构，迅速找出正确答案。提供快、准、狠夺分套路，节省考试时间，夺得更高分数。专业知识，融合时尚资讯，成功改革高中数学教材。，不断追求更好的教学方法，达到提分的效果。我喜欢活跃互动的课堂形式，有趣的课堂形式利于提高学生的学习积极性，同时我也很喜欢教授学生掌握解题的关键，各类口诀梳理语法重难点是掌握的捷径！
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    • 2015-PNAS-扁形虫基因组测序
      2015-PNAS-扁形虫基因组测序
      发布时间： 2013 - 12 - 02
      The free-living flatworm, Macrostomum lignano has an impressive regenerative capacity. Following injury, it can regenerate almost an entirely new organism because of the presence of an abundant somatic stem cell population, the neoblasts. This set of unique properties makes many flatworms attractive...
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    • A hybrid approach for de novo human genome sequence assembly and phasing
      A hybrid approach for de novo human genome sequence assembly and phasing
      发布时间： 2013 - 12 - 02
      An overview of our assembly strategy is shown in Figure 1. We started with a SOAPdenovo- based de novo assembly of Illumina sequence data from human HapMap sample NA12878, which had a contig N50 of 11.1 kb and a scaffold N50 of 590 kb after filtering for scaffolds that were at least 3 kb in length (...
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    • 菠萝基因组三代测序
      菠萝基因组三代测序
      发布时间： 2013 - 12 - 02
      Transposable elements and expression of retrotransposons Long terminal repeat (LTR) retrotransposons were identified using structural criteria10,11. About 44% of the assembly was accounted for by TEs (Supplementary Table 8 ). LTR retrotransposons were the most abundant of these elements, repres...
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    • 苹果基因组测序journal.pone.0149934
      苹果基因组测序journal.pone.0149934
      发布时间： 2013 - 12 - 02
      Winter dormancy is a well known mechanism adopted by temperate plants, to mitigate the chilling temperature of winters. However, acquisition of sufficient chilling during winter dor-mancy ensures the normal phenological traits in subsequent growing period. Thus, low tem-perature appears to play cruc...
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    • Genome and Transcriptome Sequences Reveal the Specific Parasitism of the Nematophagous Purpureocilli
      Genome and Transcriptome Sequences Reveal the Specific Parasitism of the Nematophagous Purpureocilli
      发布时间： 2013 - 11 - 28
      Whole genome protein families were classified by InterProScan analysis (Jones et al., 2014). The peptidase families were identified by BLASTP searching against MEROPS peptidase database release 9.12 with a cutoff e-value of 1e-20 (Rawlings et al., 2014). The transporters were classified on the b...
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高通量服务 Products
产品名称：

全基因组关联分析
上市日期： 2016-10-28

对某一物种群体进行全基因组重测序或简化基因组测序，检测分布于全基因组范围内的SNP标记，基于它们与分析性状 的连锁不平衡关系，通过各种统计分析方法，获得与这些性状关联的候选基因或基因组区域。
  • 技术介绍
  • 适用范围
  • 说明
  • 案例分析
  • 常见问题

对某一物种群体进行全基因组重测序或简化基因组测序，检测分布于全基因组范围内的SNP标记，基于它们与分析性状 的连锁不平衡关系，通过各种统计分析方法，获得与这些性状关联的候选基因或基因组区域。

样品要求：基于全基因组DNA样品量≥1.4ug，基于简化基因组DNA样品量≥500ng

测序平台及策略：Hiseq PE150

项目周期：110天

技术路线：

全基因组关联分析


分析内容：

1. 已有参考基因组序列的动植物自然群体；

2. 样本间无明显的亚群分化（如生殖隔离等）；

3. 所研究表型性状遗传力较强。

≥300个样本

基于SNP：≥5 X/个体

基于CNV：≥30X/个体 10~20W Tags

平均8 X/Tag

测序数据质量评估

与参考基因组比对

SNP、CNV检测及注释 SNP检测及注释

构建系统进化树

群体主成分分析

连锁不平衡分析

性状关联分析

目标性状相关区域基因功能注释

构建单体型图谱  

对某一物种群体进行全基因组重测序或简化基因组测序，检测分布于全基因组范围内的SNP标记，基于它们与分析性状 的连锁不平衡关系，通过各种统计分析方法，获得与这些性状关联的候选基因或基因组区域。

Genome-wide association analyses provide genetic and biochemical insights into natural variation in rice metabolism

Nature genetics, IF=29.648, 2014.06

基于高通量测序对水稻代谢相关性状的全基因组关联分析

研究材料：529个不同水稻品种

测序方法：Illumina Hiseq 2000测序平台，

平均测序深度2.3×（1G/个体）

研究结果：

PCA及系统进化树发现群体可以明显地划分为两个亚群，后续在总群体及两个亚群中分别进行了GWAS分析

全基因组关联分析

得到重复验证的356个loci中，有161个显著影响已知的代谢产物，如氨基酸，黄酮等；有195个影响未知的代谢产物

全基因组关联分析

两个亚群中影响不同代谢产物的位点大多数不同

全基因组关联分析

候选基因筛选

全基因组关联分析

1、材料和目标？

自然群体 ，定位目标性状基因。

2、重测序GWAS最少样本数多少？

GWAS要求群体规模最好150个以上，与群体结构有密切关系。
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全长转录组测序
全长转录组测序
2016 - 11 - 08
二代测序无法准确获得基因完整的5’UTR区和3’UTR区。基于PacBio三代测序读长长的优势，mRNA序列无需打断即可测通，获得全长转录本，提供精确的可变剪接和转录起始位点信息，准确分辨同源异构体，同源基因，家族基因和等位基因，为下游分子克隆实验提供极佳序列文库。对于特异种质资源，可以发现鉴定新基因。
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真核转录组测序
真核转录组测序
2016 - 10 - 28
转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。一般如不特殊说明，转录组测序指的是狭义转录组测序。转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。
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BSA性状定位
BSA性状定位
2016 - 10 - 27
针对研究的目标性状，选择表型极端差异的亲本构建遗传群体或家系。利用混池分组分析法（Bulk Segregant Analysis-BSA），对该家系目标性状表型极端的子代分别混合成的两个样本混池进行测序，同时对亲本进行测序，检测与性状相关联的位点并注释，研究基因控制目标性状的机制。
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