Identifying the Genome-Wide Sequence Variations and Developing New Molecular Markers for Genetics Research by Re-Sequencing a Landrace Cultivar of Foxtail Millet.
Plos One,IF=3.534,2013.09
基于全基因组重测序进行谷子变异检测
研究材料:一种重要的谷子地方品种Shi-Li-Xiang,以及另外一混合460个体的品种Yu-Gu1,F2被用来作图谱分析
研究方法:双末端测序后,与两版谷子参考基因组分别进行比对
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在两个谷子品种中的第九条染色体上的SNP和SV分布情况
研究结果:发现40%的SNP存在于NB-ARC结构域、蛋白激酶或富含亮氨酸重复序列中。
非同义突变与同义突变的SNP比例很高,与水稻、高粱等物种一致,说明植物抗病蛋白的分化也许是由病原菌的进化压力导致的。
在SLX和Yugu1两个品种中,具有多态性标记的465个SNPs和146Vs准确性在90%以上,可以作为DNA标记进行全基因组分型和分子标记辅助育种。