Small RNA是生命活动重要的调控因子，短小的序列长度（如microRNA一般在18-30nt之间）;种类繁多， siRNA（小干扰RNA ）， microRNA（微小RNA），还有其他一些种类的小RNA，如piRNA（蛋白互作小RNA），snRNA（小核RNA），snoRNA（核仁小RNA）等种类；几乎存在于所有的生物体中；在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等过程中发挥着重要作用。Illumina能够对细胞或者组织中的全部Small RNA进行深度测序及定量分析等研究。实验时首先将18-30 nt范围的Small RNA从总RNA中分离出来，两端分别加上特定接头后体外反转录做成cDNA再做进一步处理后，利用测序仪对DNA片段进行单向末端直接测序。通过Illumina对Small RNA大规模测序分析，可以从中获得物种全基因组水平的miRNA图谱，实现包括新miRNA分子的挖掘，其作用靶基因的预测和鉴定、样品间差异表达分析、miRNAs聚类和表达谱分析等科学应用。

样品要求：总RNA≥1.5ug；RNA样品浓度≥250 ng/ul；

测序平台及策略：Illumina HiSeq 2500 ，SE50，Q30 ≥ 85% 。

推荐单个样本的测序数据不低于 8M clean reads。

项目周期：2个月

技术流程：

分析内容：

参考序列比对：分析测序reads比对率和覆盖度

small RNA分类注释：筛选并鉴定鉴定已知的和新的sRNA

碱基编辑分析：miRNA种子序列分析

差异表达分析：样本间差异表达的sRNA

靶基因预测：sRNA作用的靶基因信息

差异sRNA ：靶基因

GO、KEGG富集：深入挖掘sRNA功能