The maize methylome influences mRNA splice sites and reveals widespread paramutation-like switches guided by small RNA
Genome Reserch，IF=11.35，2013.10
研究材料：父母本（B73，Mo17）、9株重组自交系的种子
测序策略：全基因组BS、表达谱、小RNA
研究目的：
1）siRNA对甲基化的调控方式；
2）各类motif对转录的影响；
3）DMR的遗传模式；
研究结果：
1）RdDM主要和24nt siRNA相关（尤其为CHH)
2）基因body区的甲基化与阻止逆转录相关（CG）；
3）变剪切位点甲基化与抑制可变剪切相关（CHG）；
4）DMR的遗传：大部分稳定遗传（6Mb），但一部分出现变化（0.9Mb)。
（备注：品系特异的甲基化位点遗传模式十分稳定）
![全基因组甲基化测序]( "全基因组甲基化测序")
图1.全基因组DNA甲基化：A-圈图；B- 基于smallRNA的甲基化水平分布情况
![全基因组甲基化测序]( "全基因组甲基化测序")
图2.外显子剪切位点甲基化分布情况
不同的motif效应的确是不同的；还发现甲基化在自交8代后，依然大部分稳定遗传；但同时也会有一些变化；在逆转录转座子mutator插入位点附近，发现增高甲基化的趋势。
注：所以对于研究甲基化转录调控来说，单一组学往往不能完美说明生物学问题，多种组学串联说故事更能提升文章档次。