The maize methylome influences mRNA splice sites and reveals widespread paramutation-like switches guided by small RNA
Genome Reserch,IF=11.35,2013.10
研究材料:父母本(B73,Mo17)、9株重组自交系的种子
测序策略:全基因组BS、表达谱、小RNA
研究目的:
1)siRNA对甲基化的调控方式;
2)各类motif对转录的影响;
3)DMR的遗传模式;
研究结果:
1)RdDM主要和24nt siRNA相关(尤其为CHH)
2)基因body区的甲基化与阻止逆转录相关(CG);
3)变剪切位点甲基化与抑制可变剪切相关(CHG);
4)DMR的遗传:大部分稳定遗传(6Mb),但一部分出现变化(0.9Mb)。
(备注:品系特异的甲基化位点遗传模式十分稳定)
![全基因组甲基化测序 全基因组甲基化测序]()
图1.全基因组DNA甲基化:A-圈图;B- 基于smallRNA的甲基化水平分布情况
![全基因组甲基化测序 全基因组甲基化测序]()
图2.外显子剪切位点甲基化分布情况
不同的motif效应的确是不同的;还发现甲基化在自交8代后,依然大部分稳定遗传;但同时也会有一些变化;在逆转录转座子mutator插入位点附近,发现增高甲基化的趋势。
注:所以对于研究甲基化转录调控来说,单一组学往往不能完美说明生物学问题,多种组学串联说故事更能提升文章档次。