Nature Plants在线发表中国农业科学院作物科学研究所贾继增研究员研究团队题为“The Aegilops tauschii genome reveals multiple impacts of transposons”的研究论文,该研究在小麦D基因组测序研究中取得新进展。
作为全球主要粮食作物,小麦为人类提供了超过20%碳水化合物和23%蛋白质等营养需求,但因其基因组规模庞大且复杂,20年来,科学家们一直没能完成小麦全基因组的测序任务。粗山羊草是小麦D基因组供体种,对小麦品种改良非常重要。中国农业科学院作物科学研究所贾继增研究员研究团队在2013年完成了粗山羊草基因组草图的绘制工作,研究成果在Nature上发表。然而由于当时技术条件的限制,组装的水平有限,因而影响了研究的深入与基因组信息的利用。
近年来,二代、三代等测序技术和新的组装技术不断推进,这使得对D基因组重新测序与组装质量提高210倍,最终完成了染色体级别的D基因组精细图谱的绘制。
材料方法:
研究材料:Ae. Tauschii AL8/78
文库类型:450bp、2kb、5kb、8kb、20kb、40kb,三代文库
测序平台:Illumina HiSeq、PacBio SMRT RS II
测序深度:二代约185X,三代约12X
结论:
该研究构建了节节麦富含TE结构的高质量参考基因组,并挂载到染色体水平。节节麦基因组具有大量的假基因,有近1/2的基因中携带有TE,这些基因的甲基化水平较高,转录较少。利用遗传标记构建了第一张准确综合的节节麦遗传物理图谱,并将近期发现的重要农艺性状相关的基因和QTL位点定位到染色体水平,有助于分子育种和重要功能基因的挖掘。
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各位老师还有什么优良的物种没有测序,快快行动起来吧,二代和三代测序完美结合诠释基因组!
参考文献
[1] Guangyao Zhao, Cheng Zou, Kui Li, et al. The Aegilops tauschii genome reveals multiple impacts of transposons [J]. Nature Plants, 2017. doi:10.1038/s41477-017-0067-8.